<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 17/03/2012 4:48 PM, Wholly Peach wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1331963290.5916.YahooMailNeo@web121305.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">
        <div>&nbsp;</div>
        <span><font face="Arial">Dear All,
            <pre> </pre>
            <pre>I use the following to neutralize the charge</pre>
            <pre> </pre>
            <pre>"genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8",</pre>
            <pre> </pre>
            <pre>Then I do the following "<font face="Arial">grompp -f minim.mdp -c 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr"</font>".<var id="yui-ie-cursor"></var></pre>
            <pre> </pre>
            <pre>However the feedback says there is no Na (sodium) moleculetype.</pre>
          </font></span><br>
      </div>
    </blockquote>
    <font face="Arial"><br>
      Your force field defines [moleculetype] sections for ions in its
      ions.itp file. Go and look at it, compare with your .top and see
      what the problem is. Atom names, residue names and moleculetype
      names are all different things, and each part of your .top must
      match the right name at the right time.<br>
      <br>
      Mark<br>
    </font>
  </body>
</html>