Dear David:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you very much!!&nbsp; I&#39;m really new to Gromacs.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I think I should use the *.trr file(from mdrun_d, energy minimization) as an input file for generating *.tpr for Normal&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Mode Analysis.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; But what the *.mdp file looks like while using &quot;grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm&quot; to make such *.tpr file?<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I appreciate your help.<br><br>Shen <br><br><div class="gmail_quote">在 2012年3月17日 下午9:47,David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span>写道:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On 2012-03-17 14:44, qiancheng shen wrote:<br>
</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Hello Everyone,<br>
I&lsquo;m confused about Normal Mode Analysis of Gromacs. I have googled a lot<br>
but find little useful.<br>
I installed Gromacs 4.5.5 by CMake on Win7(Double Precision).<br>
Gromacs manual said &quot;It is imperative that you use the |-t| option to<br></div>
|grompp &lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Gromacs_<u></u>Utilities/grompp</a>&gt;|<div class="im"><br>
when you create the normal mode run input file<br></div>
&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a>&gt;,<div class="im"><br>

so that you read full precision binary coordinates and not the<br>
three-decimal .gro<br></div>
&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/.gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/.<u></u>gro_File</a>&gt; file.&quot; But<div class="im"><br>
I don&#39;t exactly what it means....<br>
Could anyone give me a step-by-step example?<br>
<br>
Thanks in advance.<br>
<br>
shen<br>
<br>
<br>
</div></blockquote>
grompp_d -f cg -o cg<br>
mdrun_d -s cg -o conf.g96<br>
grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm<br>
mdrun_d -s nm<br>
g_nmeig_d<br>
<br>
You can use the g96 coordinate format instead of using the trr file from the conjugate gradients energy minimization.<br>
Set all cut-offs to zero (= infinite).<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</font></span></blockquote></div><br>