Dear David,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you very much.<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;<i><b> A little modification to your first post. </b></i><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp_d -f cg -o cg<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdrun_d -s cg<i><b> -o</b></i> conf.g96&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ---------------------&gt; mdrun_d -s cg <i><b>-c</b></i> conf.g96&nbsp; (Use -o will only output *.trr)<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
mdrun_d -s nm<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;
g_nmeig_d<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; &quot;<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; And when I used &quot;integrator = nm&quot; in *.mdp file and run &quot;mdrun_d -s nm&quot;. Gromacs said &quot;Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not supported&quot;.<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Could give me some suggestion about that error?<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; The commands I used is listed below:<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.&nbsp; <strong><em>pdb2gmx_d -ignh -ff&nbsp;</em></strong><em>gromos43a1 <strong>-f</strong> 1OMB.pdb&nbsp;<strong>-water</strong> spce&nbsp;<strong>-o</strong> conf.gro <strong>-p</strong> topol.top</em><br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2.&nbsp; <strong><em></em><em>editconf_d -f&nbsp;</em></strong><em>conf.gro <strong>-o</strong> BOX.gro <strong>-d</strong> 1.5</em> <br>&nbsp; &nbsp;&nbsp; 3.&nbsp; <strong><em>genbox_d -cp&nbsp;</em></strong><em>BOX.gro <strong>-cs</strong> spc216 <strong>-o</strong> SOL&nbsp;<strong>-p</strong> topol.top</em><br>
&nbsp; &nbsp;&nbsp; 4.&nbsp; <strong><em>grompp_d -f&nbsp;</em></strong><em>em.mdp <strong>-c</strong> SOL.gro <strong>-p</strong> topol.top <strong>-o</strong> em.tpr</em> <br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5.&nbsp; <strong><em>mdrun_d -s&nbsp;</em></strong><em>em.tpr &nbsp;<strong>-deffnm</strong> em <b>-c</b> tx.g96 <strong>-v</strong></em>&nbsp; //Energy Min<br>
&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6.&nbsp; <i><b>grompp_d</b></i> <i><b>-f </b></i>nm.mdp <i><b>-c</b></i> tx.g96 <i><b>-o</b></i> nm<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7.&nbsp; <i><b>mdrun_d</b></i> <i><b>-s</b></i> nm&nbsp;&nbsp; -----&gt; A fatal error &quot;Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; supported&quot;<br>
<br><i><b>em.mdp</b></i><br>define&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; -DFLEXIBLE<br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; steep<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 400<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>
ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; cut-off<br>rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br>optimize_fft&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; yes<br>;<br>;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Energy minimizing stuff<br>
;<br>emtol&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1000<br>emstep&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.01<br><br>---------------------------------------<br><i><b>nm.mdp</b></i><br>constraints&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; none<br>integrator&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; nm<br>dt&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 0.002&nbsp;&nbsp;&nbsp; ; ps !<br>
nsteps&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 400<br>nstlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 10<br>ns_type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; grid<br>rlist&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.2<br>coulombtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; PME-Switch<br>rcoulomb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.0<br>vdwtype&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; Cut-off<br>
rvdw&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; =&nbsp; 1.4<br><br><br>Thank you very much.<br><br>Shen.<br><br><div class="gmail_quote">在 2012年3月17日 下午10:46，David van der Spoel <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span>写道：<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">On 2012-03-17 15:34, qiancheng shen wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Dear David:<br>
Thank you very much!! I&#39;m really new to Gromacs.<br>
I think I should use the *.trr file(from mdrun_d, energy minimization)<br>
as an input file for generating *.tpr for Normal Mode Analysis.<br>
</blockquote>
<br></div>
Please read my previous email.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
But what the *.mdp file looks like while using &quot;grompp_d -f nm -c<br>
conf.g96 -o nm&quot; to make such *.tpr file?<br>
<br>
</blockquote></div>
integrator = nm<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
I appreciate your help.<br>
<br>
Shen<br>
<br>
在 2012年3月17日 下午9:47，David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a><br></div>
&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<u></u>写道：<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;On 2012-03-17 14:44, qiancheng shen wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Hello Everyone，<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I&lsquo;m confused about Normal Mode Analysis of Gromacs. I have<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;googled a lot<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;but find little useful.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I installed Gromacs 4.5.5 by CMake on Win7(Double Precision).<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Gromacs manual said &quot;It is imperative that you use the |-t|<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;option to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;|grompp<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/Gromacs___Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/Gromacs___<u></u>Utilities/grompp</a><div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Gromacs_<u></u>Utilities/grompp</a>&gt;&gt;|<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;when you create the normal mode run input file<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/__Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/__<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a><div class="im">
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a>&gt;&gt;,<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;so that you read full precision binary coordinates and not the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;three-decimal .gro<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/.__gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/.__<u></u>gro_File</a><div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/.gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/.<u></u>gro_File</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;file.&quot; But<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I don&#39;t exactly what it means....<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Could anyone give me a step-by-step example?<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thanks in advance.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;shen<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;grompp_d -f cg -o cg<br>
 &nbsp; &nbsp;mdrun_d -s cg -o conf.g96<br>
 &nbsp; &nbsp;grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm<br>
 &nbsp; &nbsp;mdrun_d -s nm<br>
 &nbsp; &nbsp;g_nmeig_d<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;You can use the g96 coordinate format instead of using the trr file<br>
 &nbsp; &nbsp;from the conjugate gradients energy minimization.<br>
 &nbsp; &nbsp;Set all cut-offs to zero (= infinite).<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;--<br>
 &nbsp; &nbsp;David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
 &nbsp; &nbsp;Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
 &nbsp; &nbsp;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.<br></div>
 &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
 &nbsp; &nbsp;--<br>
 &nbsp; &nbsp;gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br></div>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br></div>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote><div class="HOEnZb"><div class="h5">
<br>
<br>
-- <br>
David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205.<br>
<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &nbsp; &nbsp;<a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>