Dear David,<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Thank you very much!!<br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Your suggestion works!! After removing water and ion from my structure, I did normal mode analysis successfully!!<br><br>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I appreciate your help.<br><br>Shen <br>
<br><div class="gmail_quote">在 2012年3月17日 下午11:45，Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span>写道：<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
<br>
<br>
qiancheng shen wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im">
Dear David,<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thank you very much.<br></div>
 &nbsp; &nbsp; /* A little modification to your first post. */<div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; &quot;<br>
 &nbsp; &nbsp; grompp_d -f cg -o cg<br></div>
 &nbsp; &nbsp; mdrun_d -s cg/* -o*/ conf.g96 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;---------------------&gt; mdrun_d -s cg /*-c*/ conf.g96 &nbsp;(Use -o will only output *.trr)<div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm<br>
 &nbsp; &nbsp; mdrun_d -s nm<br>
 &nbsp; &nbsp; g_nmeig_d<br>
 &nbsp; &nbsp; &quot;<br>
 &nbsp; &nbsp; And when I used &quot;integrator = nm&quot; in *.mdp file and run &quot;mdrun_d -s nm&quot;. Gromacs said &quot;Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not supported&quot;.<br>
 &nbsp; &nbsp; Could give me some suggestion about that error?<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; The commands I used is listed below:<br></div>
 &nbsp; &nbsp; 1. &nbsp;*/pdb2gmx_d -ignh -ff /*/gromos43a1 *-f* 1OMB.pdb *-water* spce *-o* conf.gro *-p* topol.top/<br>
 &nbsp; &nbsp; 2. &nbsp;*///editconf_d -f /*/conf.gro *-o* BOX.gro *-d* 1.5/<br>
 &nbsp; &nbsp; 3. &nbsp;*/genbox_d -cp /*/BOX.gro *-cs* spc216 *-o* SOL *-p* topol.top/<br>
 &nbsp; &nbsp; 4. &nbsp;*/grompp_d -f /*/em.mdp *-c* SOL.gro *-p* topol.top *-o* em.tpr/<br>
 &nbsp; &nbsp; 5. &nbsp;*/mdrun_d -s /*/em.tpr &nbsp;*-deffnm* em *-c* tx.g96 *-v*/ &nbsp;//Energy Min<br>
 &nbsp; &nbsp; 6. &nbsp;/*grompp_d*/ /*-f */nm.mdp /*-c*/ tx.g96 /*-o*/ nm<br>
 &nbsp; &nbsp; 7. &nbsp;/*mdrun_d*/ /*-s*/ nm &nbsp; -----&gt; A fatal error &quot;Constraints present with Normal Mode Analysis, this combination is not &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; supported&quot;<br>
<br>
</blockquote>
<br>
In adding solvent, these molecules are held rigid by the SETTLE algorithm, which is a type of constraint. &nbsp;As the fatal error tells you, you cannot do this. &nbsp;See below for more comments on em.mdp.<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
/*em.mdp*/<div class="im"><br>
define &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;-DFLEXIBLE<br>
constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;none<br>
integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;steep<br>
dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; ps !<br>
nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;400<br>
nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10<br>
ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid<br>
rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.0<br>
coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;PME<br>
rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<br>
vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;cut-off<br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.4<br>
optimize_fft &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;yes<br>
;<br>
; &nbsp; &nbsp;Energy minimizing stuff<br>
;<br>
emtol &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1000<br>
emstep &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.01<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
Steepest descents EM with this large of a maximum force is not appropriate for running NM calculations. &nbsp;You need extremely thorough EM, perhaps several rounds of it using either CG or L-BFGS (or both) to a maximal force as low as machine precision will allow.<br>

<br>
-Justin<br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
------------------------------<u></u>---------<br>
/*nm.mdp*/<div class="im"><br>
constraints &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;none<br>
integrator &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;nm<br>
dt &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;0.002 &nbsp; &nbsp;; ps !<br>
nsteps &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;400<br>
nstlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;10<br>
ns_type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;grid<br>
rlist &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;1.2<br>
coulombtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;PME-Switch<br>
rcoulomb &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.0<br>
vdwtype &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; = &nbsp;Cut-off<br>
rvdw &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;= &nbsp;1.4<br>
<br>
<br>
Thank you very much.<br>
<br>
Shen.<br>
<br></div>
在 2012年3月17日 下午10:46，David van der Spoel &lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<u></u>写道：<div class="im">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;On 2012-03-17 15:34, qiancheng shen wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Dear David:<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Thank you very much!! I&#39;m really new to Gromacs.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I think I should use the *.trr file(from mdrun_d, energy<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;minimization)<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;as an input file for generating *.tpr for Normal Mode Analysis.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;Please read my previous email.<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;But what the *.mdp file looks like while using &quot;grompp_d -f nm -c<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;conf.g96 -o nm&quot; to make such *.tpr file?<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;integrator = nm<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;I appreciate your help.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Shen<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;在 2012年3月17日 下午9:47，David van der Spoel<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<u></u>&gt;__写道：<div class="im">
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; On 2012-03-17 14:44, qiancheng shen wrote:<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Hello Everyone，<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I&lsquo;m confused about Normal Mode Analysis of Gromacs. I have<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; googled a lot<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; but find little useful.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I installed Gromacs 4.5.5 by CMake on Win7(Double Precision).<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Gromacs manual said &quot;It is imperative that you use the |-t|<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; option to<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; |grompp<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/____Documentation/Gromacs_____Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Documentation/Gromacs_____<u></u>Utilities/grompp</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/Gromacs___Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/Gromacs___<u></u>Utilities/grompp</a>&gt;<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/Gromacs___Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/Gromacs___<u></u>Utilities/grompp</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Gromacs_Utilities/grompp" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/Gromacs_<u></u>Utilities/grompp</a>&gt;&gt;&gt;|<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; when you create the normal mode run input file<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/____Documentation/File_Formats/____Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Documentation/File_Formats/___<u></u>_Topology_%28.tpr%29_File</a><br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/__Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/__<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a>&gt;<div class="im">
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/__Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/__<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a><br>

 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/Topology_%28.tpr%29_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/<u></u>Topology_%28.tpr%29_File</a>&gt;&gt;&gt;,<br>

<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; so that you read full precision binary coordinates and<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;not the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; three-decimal .gro<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/____Documentation/File_Formats/.____gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Documentation/File_Formats/.__<u></u>__gro_File</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/.__gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/.__<u></u>gro_File</a>&gt;<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Documentation/File_Formats/.__gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Documentation/File_Formats/.__<u></u>gro_File</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/File_Formats/.gro_File" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Documentation/File_Formats/.<u></u>gro_File</a>&gt;&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; file.&quot; But<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; I don&#39;t exactly what it means....<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Could anyone give me a step-by-step example?<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Thanks in advance.<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; shen<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; grompp_d -f cg -o cg<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; mdrun_d -s cg -o conf.g96<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; grompp_d -f nm -c conf.g96 -o nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; mdrun_d -s nm<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; g_nmeig_d<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; You can use the g96 coordinate format instead of using the<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;trr file<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; from the conjugate gradients energy minimization.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Set all cut-offs to zero (= infinite).<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: +46184714205.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt;&gt;<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; --<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a> &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<u></u>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://lists.gromacs.org/____mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/____<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please search the archive at<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://www.gromacs.org/____Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt;<div class="im"><br>
<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt;&gt; before<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;posting!<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@" target="_blank">gmx-users-request@</a>__<a href="http://gromacs.org" target="_blank">gr<u></u>omacs.org</a><div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; Can&#39;t post? Read<br></div>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/____Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/____<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<div class="im"><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &lt;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;&gt;<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
<br>
 &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br>
 &nbsp; &nbsp;Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br>
 &nbsp; &nbsp;Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone: &nbsp;+46184714205.<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a> &lt;mailto:<a href="mailto:spoel@xray.bmc.uu.se" target="_blank">spoel@xray.bmc.uu.se</a>&gt; &nbsp; &nbsp; &nbsp; <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="_blank">http://folding.bmc.uu.se</a><br>

 &nbsp; &nbsp;-- &nbsp; &nbsp; gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://lists.gromacs.org/__mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/__<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>
 &nbsp; &nbsp;Please search the archive at<br>
 &nbsp; &nbsp;<a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt; before posting!<br>
 &nbsp; &nbsp;Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
 &nbsp; &nbsp;interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;mailto:<a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@<u></u>gromacs.org</a>&gt;.<br>
 &nbsp; &nbsp;Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/__Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/__<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
 &nbsp; &nbsp;&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>
<br>
<br>
</div></blockquote>
<br>
-- <br>
==============================<u></u>==========<br>
<br>
Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
<br>
==============================<u></u>==========<div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
-- <br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br>