<html dir="ltr">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=iso-8859-1">
<style id="owaParaStyle">P {
        MARGIN-TOP: 0px; MARGIN-BOTTOM: 0px
}
</style>
</head>
<body fPStyle="1" ocsi="0">
<div style="direction: ltr;font-family: Calibri;color: #000000;font-size: 12pt;">
<p>&nbsp;</p>
<div>
<p>Well... There is no mistake as for the&nbsp;option -t of grompp in the suggested version for this tutorial the file can be both trajcetory (trr) or a checkpoint file (cpt) from previous NVT ensemble. I hope you understand what you are doing?</p>
<p>&nbsp;</p>
<p>Jan</p>
<div style="FONT-FAMILY: Tahoma; FONT-SIZE: 13px">
<div><font size="2" face="Arial"></font>&nbsp;
<hr tabindex="-1">
</div>
</div>
</div>
<div style="FONT-FAMILY: Times New Roman; COLOR: #000000; FONT-SIZE: 16px">
<div style="DIRECTION: ltr" id="divRpF940077"><font color="#000000" size="2" face="Tahoma"><b>From:</b> gmx-users-bounces@gromacs.org [gmx-users-bounces@gromacs.org] on behalf of Acoot Brett [acootbrett@yahoo.com]<br>
<b>Sent:</b> Monday, March 19, 2012 9:19 AM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> [gmx-users] on -t nvt.cpt in the Justine Lemkul tutorial<br>
</font><br>
</div>
<div></div>
<div>
<div style="BACKGROUND-COLOR: #fff; FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif; COLOR: #000; FONT-SIZE: 14pt">
<div><font size="3">Dear All,</font></div>
<div style="FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif; FONT-SIZE: 14pt">
<div style="FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif; FONT-SIZE: 12pt">
<div id="yiv1005846339">
<div>
<div style="BACKGROUND-COLOR: rgb(255,255,255); FONT-FAMILY: times new roman,new york,times,serif; COLOR: rgb(0,0,0); FONT-SIZE: 12pt">
<div>&nbsp;</div>
<div>I am using the GROMACS 3.3.3 to practice the lysozyme tutorial of Justin Lemkul
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html" rel="nofollow" target="_blank">
<font size="&#43;0">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/lysozyme/index.html</font></a>.</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font size="&#43;0">For the final part grompps, for example &quot;<font size="&#43;0">grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top -o npt.tpr</font>&quot;, it shows the nvt.cpt.trr. cannot be read. Then I change &quot;grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.cpt -p topol.top
 -o npt.tpr&quot; into &quot;<font size="&#43;0">grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -t nvt.trr -p topol.top -o npt.tpr</font>&quot;, it works.</font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font size="&#43;0">I am looking a clarification from you that my change is correct.</font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font size="&#43;0">Cheers,</font></div>
<div>&nbsp;</div>
<div>&nbsp;</div>
<div><font size="&#43;0">Acoot</font></div>
<div><br>
</div>
</div>
</div>
</div>
<br>
<br>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</div>
</body>
</html>