<html xmlns:v="urn:schemas-microsoft-com:vml" xmlns:o="urn:schemas-microsoft-com:office:office" xmlns:w="urn:schemas-microsoft-com:office:word" xmlns:m="http://schemas.microsoft.com/office/2004/12/omml" xmlns="http://www.w3.org/TR/REC-html40">
<head>
<meta http-equiv="Content-Type" content="text/html; charset=us-ascii">
<meta name="Generator" content="Microsoft Word 12 (filtered medium)">
<style><!--
/* Font Definitions */
@font-face
        {font-family:Calibri;
        panose-1:2 15 5 2 2 2 4 3 2 4;}
@font-face
        {font-family:Tahoma;
        panose-1:2 11 6 4 3 5 4 4 2 4;}
/* Style Definitions */
p.MsoNormal, li.MsoNormal, div.MsoNormal
        {margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
a:link, span.MsoHyperlink
        {mso-style-priority:99;
        color:blue;
        text-decoration:underline;}
a:visited, span.MsoHyperlinkFollowed
        {mso-style-priority:99;
        color:purple;
        text-decoration:underline;}
p
        {mso-style-priority:99;
        margin:0in;
        margin-bottom:.0001pt;
        font-size:12.0pt;
        font-family:"Times New Roman","serif";
        color:black;}
span.EmailStyle18
        {mso-style-type:personal-reply;
        font-family:"Calibri","sans-serif";
        color:#1F497D;}
.MsoChpDefault
        {mso-style-type:export-only;
        font-size:10.0pt;}
@page WordSection1
        {size:8.5in 11.0in;
        margin:1.0in 1.0in 1.0in 1.0in;}
div.WordSection1
        {page:WordSection1;}
--></style><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapedefaults v:ext="edit" spidmax="1026" />
</xml><![endif]--><!--[if gte mso 9]><xml>
<o:shapelayout v:ext="edit">
<o:idmap v:ext="edit" data="1" />
</o:shapelayout></xml><![endif]-->
</head>
<body bgcolor="white" lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div class="WordSection1">
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Hi Mark,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Thanks &#8211; I completely forgot about that!<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Cheers,<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D">Huiwen<o:p></o:p></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1F497D"><o:p>&nbsp;</o:p></span></p>
<div>
<div style="border:none;border-top:solid #B5C4DF 1.0pt;padding:3.0pt 0in 0in 0in">
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext">From:</span></b><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:windowtext"> gmx-users-bounces@gromacs.org [mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org]
<b>On Behalf Of </b>Mark Abraham<br>
<b>Sent:</b> Sunday, March 18, 2012 2:03 PM<br>
<b>To:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Subject:</b> Re: [gmx-users] Energy minimization of crystal structure with water<o:p></o:p></span></p>
</div>
</div>
<p class="MsoNormal"><o:p>&nbsp;</o:p></p>
<p class="MsoNormal">On 18/03/2012 1:01 PM, NG HUI WEN wrote: <o:p></o:p></p>
<div>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Hi all,<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I have a seemingly simple task that turned quite tricky here.
<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I am trying to perform energy minimization&nbsp;on a crystal structure after adding hydrogen to the protein using pdb2gmx (OPLS).<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">The problem I am facing now is that after energy minimization, the protein and water (originally in the protein cavity) were found in completely different coordinate space. Using &quot;pbc box&quot;
 in VMD, I found that the water was found&nbsp;roughly at the original space but not the protein.&nbsp;&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">I have tried (all turned out futile)&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">1) EM with and without pbc<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">2) position restraint the protein backbone and water<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Would someone be able to help me on this? I know I must have done something silly here.<o:p></o:p></span></p>
<p><span style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">&nbsp;<o:p></o:p></span></p>
</div>
<p class="MsoNormal"><br>
This is normal. See <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions">
http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Periodic_Boundary_Conditions</a><br>
<br>
Mark<o:p></o:p></p>
</div>
 <<
<p><font face="Arial" size="2">
This message and any attachment are intended solely for the addressee and may contain confidential information. If you have received this message in error, please send it back to me, and immediately delete it. Please do not use, copy or disclose the information contained in this message or in any attachment. Any views or opinions expressed by the author of this email do not necessarily reflect the views of the University of Nottingham. 
<br><br>This message has been checked for viruses but the contents of an attachment may still contain software viruses which could damage your computer system: you are advised to perform your own checks. Email communications with the University of Nottingham may be monitored as permitted by UK & Malaysia legislation.</font></p> >>
</body>
</html>