<p>Hi Acoot,</p>
<p>Read the tutorial. It&#39;s explained there... Mind that that tutorial was written for an earlier version of Gromacs and some things have changed. The names of ions, for instance.</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Mar 19, 2012 6:40 AM, &quot;Acoot Brett&quot; &lt;<a href="mailto:acootbrett@yahoo.com">acootbrett@yahoo.com</a>&gt; wrote:<br><br><div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif">
<div><span>Dear All,</span></div><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"><div><div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif">
<div><span></span> </div><div><span>The problem really occurs in the ion addition step.</span></div><div><span></span> </div><div><span>In order to keep 0.1 M ion concentration, 20 Na+ and 20 C1- were added. In order to keep 0 charge, 8 Cl- were added.</span></div>
<div><span></span> </div><div><span>From the .gro file, 48 water (72 H and 48 O) were deleted in order to add the 38 charges, which makes there was a 96 atom
 reduction.</span></div><div><span></span> </div><div><span>For the top file, we modify it in the following way, 48 SOLs were deleted, 20 Na+ were added, and 28 Cl- added.</span></div><div><span></span> </div><div><span>In the above manner, however, it indicated the &quot; number of coordinates in coordinate file (1LW9-EM-solvated.gro, 32748) does not match
 topology (1LW9.top)&quot;.</span></div><div><span></span> </div><div><span>Thus how do we modify the .gro file and the .top file so that the number of coordinated will be equal between them?</span></div><div><span></span> </div>
<div><span>Cheers,</span></div><div><span></span> </div><div><span>Acoot<var></var></span></div>  <div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"> <div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">
 <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <div style="margin:5px 0px;padding:0px;border:1px solid rgb(204,204,204);min-height:0px;line-height:0;font-size:0px"></div>  <b><span style="font-weight:bold">From:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;<br>
 <b><span style="font-weight:bold">To:</span></b> Acoot Brett &lt;<a href="mailto:acootbrett@yahoo.com" target="_blank">acootbrett@yahoo.com</a>&gt;; Discussion list
 for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; <br> <b><span style="font-weight:bold">Sent:</span></b> Monday, 19 March 2012 12:06 PM<br> <b><span style="font-weight:bold">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] number of coordinates in coordinate file does not match topology <br>
 </font> </div><p><font color="#500050">



Acoot Brett wrote:
&gt; Dear All,
&gt;  I am practicing the on-line tutorial <a href="http://www.nmr.chem.uu.nl.">http://www.nmr.chem.uu.nl.</a>..</font></p></div> </div>  </div></div></div><br><br> </div> </div>  </div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></p>