<div><div>Dear GROMACS users,</div><div><br></div><div>I am beginner to GROMACS. I want to simulate my protein in different concentrations of Guanidinium Chloride solution and collected the files (3M &amp; 5M box and .itp file) from <font color="#000066"><a href="http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Molecule_topologies" target="_blank">http://www.gromacs.org/Downloads/User_contributions/Molecule_topologies</a></font>. Then I build a topology file &#39;topol.top&#39; (to minimize the box further) as</div>


<div><br></div><div><span><font color="#660000">; Include forcefield parameters</font></span></div><div><span><font color="#660000">#include &quot;gromos43a1.ff/forcefield.itp&quot;</font></span></div>
<div><span><font color="#660000"><br></font></span></div><div><span><font color="#660000">#include &quot;gnd.itp&quot;</font></span></div>
<div><span><font color="#660000"><br></font></span></div><div><span><font color="#660000">; Include water topology</font></span></div><div>
<span><font color="#660000">#include &quot;gromos43a1.ff/spc.itp&quot;</font></span></div><div><span><font color="#660000"><br></font></span></div>
<div><span><font color="#660000">#ifdef POSRES_WATER</font></span></div><div><span><font color="#660000">; Position restraint for each water oxygen</font></span></div>
<div><span><font color="#660000">[ position_restraints ]</font></span></div><div><span><font color="#660000">;  i funct       fcx        fcy        fcz</font></span></div>
<div><span><font color="#660000">   1    1      1000       1000       1000</font></span></div><div><span><font color="#660000">#endif</font></span></div>
<div><span><font color="#660000"><br></font></span></div><div><span><font color="#660000">; Include topology for ions</font></span></div>
<div><span><font color="#660000">#include &quot;gromos43a1.ff/ions.itp&quot;</font></span></div><div><span><font color="#660000"><br></font></span></div>
<div><span><font color="#660000">[ system ]</font></span></div><div><span><font color="#660000">; Name</font></span></div><div><span><font color="#660000">Gdm 3M</font></span></div>
<div><span><font color="#660000"><br></font></span></div><div><span><font color="#660000">[ molecules ]</font></span></div><div><span><font color="#660000">; Compound        #mols</font></span></div>
<div><span><font color="#660000">GND<span style="white-space:pre-wrap">                </span>19</font></span></div><div><span><font color="#660000">SOL             269</font></span></div>
<div><span><font color="#660000">CL-             19</font></span></div><div><br></div><div>Then I execute the command</div><div><font color="#660000">$ grompp -f minim.mdp -c gnd3M.gro -p topol.top -o em.tpr</font></div>


<div><br></div><div>But I got the following error</div><div><font color="#660000"><br></font></div><div><font color="#660000">Program grompp, VERSION 4.5.5</font></div><div><font color="#660000">Source code file: toppush.c, line: 1631</font></div>


<div><font color="#660000"><br></font></div><div><font color="#660000">Fatal error:</font></div><div><font color="#660000">Incorrect number of parameters - found 2, expected 5 or 5 for LJC-14 q.</font></div><div><font color="#660000">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS</font></div>


<div><font color="#660000">website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a></font></div><div><font color="#660000">-------------------------------------------------------</font></div>


<div><br></div><div>Is there something wrong with the .itp file (given) or I am doing any mistake?</div></div><div><br></div><div>Thanking you.</div><div><br></div><div>Greetings </div><div>Biswajit</div>