Dear gromacs user, <div>I noted a strange behavior in topology generation workflow.</div><div><br></div><div>I have a protein whose active site contains a Ni atom linked to 4 Cys.</div><div>I inserted the 4 bonds by specbonds.dat.   When I run pdb2gmx, I have inspected</div>
<div>the Linking messages and they fit with the expected topology, I mean pdb2gmx </div><div>correctly detects the four bonds nickel-sulphur. </div><div>So I run grompp and the topol.tpr has been correctly generated.</div>
<div><br></div><div>Then I compared topol.top and topol.tpr bonds and I noticed that in topol.top there a lot </div><div>of fake-bonds, i.e Ni-hydrogen, Ni-Carbonium. </div><div><br></div><div>I dumped topol.tpr through gmxdump, and I noticed that these bonds are no more present</div>
<div>and only  &quot;right&quot; bonds are present.</div><div><br></div><div>So, I am wondering why the fake bonds are inserted in topol.top and how grompp detectes</div><div>these bonds.</div><div><br></div><div><br></div>
<div>Francesco</div>