<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 22/03/2012 1:46 AM, francesco oteri wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-OOCADjH4Y8=LKqm7Vh9XfzO8QFGqzOisiMxhGFoGaT6Q@mail.gmail.com"
      type="cite">Dear gromacs user,&nbsp;
      <div>I noted a strange&nbsp;behavior&nbsp;in topology generation workflow.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>I have a protein whose active site contains a Ni atom linked
        to 4 Cys.</div>
      <div>I inserted the 4 bonds by specbonds.dat. &nbsp; When I run
        pdb2gmx, I have inspected</div>
      <div>the Linking messages and they fit with the expected topology,
        I mean pdb2gmx&nbsp;</div>
      <div>correctly detects the four bonds nickel-sulphur.&nbsp;</div>
      <div>So I run grompp and the topol.tpr has been
        correctly&nbsp;generated.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Then I compared topol.top and topol.tpr bonds and I noticed
        that in topol.top there a lot&nbsp;</div>
      <div>of fake-bonds, i.e Ni-hydrogen, Ni-Carbonium. <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Can you show an example of what you interpret as a fake bond?<br>
    <br>
    Mark<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:CAFQcp-OOCADjH4Y8=LKqm7Vh9XfzO8QFGqzOisiMxhGFoGaT6Q@mail.gmail.com"
      type="cite">
      <div><br>
      </div>
      <div>I dumped topol.tpr through gmxdump, and I noticed that these
        bonds&nbsp;are no more present</div>
      <div>and&nbsp;only &nbsp;"right" bonds are present.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div>So, I am wondering why the fake bonds are inserted in
        topol.top and how grompp detectes</div>
      <div>these bonds.</div>
      <div><br>
      </div>
      <div><br>
      </div>
      <div>Francesco</div>
      <br>
      <fieldset class="mimeAttachmentHeader"></fieldset>
      <br>
    </blockquote>
    <br>
  </body>
</html>