I made a model of a receptor protein, bilayer, and solvent.  My protein contains a 20 residue gap.  This gap corresponds to a region of the protein that had been digested by trypsin before crystallization.  The trypsin digestion has no affect on receptor activity experimentally. I performed energy minimization without problem.  The protein looked like it should, containing the gap. <div>
<br></div><div>When I performed equilibration, the output had the C-terminus of one protein fragment connected to the N-terminus of the other protein fragment.  I don&#39;t know how this peptide bond was created, because it was not in the input *.gro file to grompp.  Please help.</div>
<div><br></div><div>Jackson Chief Elk</div><div>Graduate Student in Biophysics and Biochemistry</div><div>The University of Montana</div><div>Missoula, MT</div>