<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    On 26/03/2012 2:02 PM, mohan maruthi sena wrote:
    <blockquote
cite="mid:CAGbPF0VVLu8-0jcqTNiHO1KjDJYD+b=j+XPE6E46M=4N_QbWNw@mail.gmail.com"
      type="cite">Hello everyone,<br>
      <br>
      &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; I am getting the following error when i
      execute grompp command ,can anyone please explain me why this
      error arises,<br>
      <br>
      <b>NOTE 2 [file ile.top, line 2986]:<br>
        &nbsp; The bond in molecule-type Protein_chain_I between atoms 22 N
        and 23 HN<br>
        &nbsp; has an estimated oscillational period of 1.0e-02 ps, which is
        less than<br>
        &nbsp; 10 times the time step of 2.0e-03 ps.<br>
        &nbsp; Maybe you forgot to change the constraints mdp option.<br>
      </b><br>
    </blockquote>
    <br>
    It's self-explanatory if you understand the ideas in 6.5 of the
    manual. In the absence of information about your .mdp file and the
    indicated bond distance, there's nothing else to be said.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>