<p>Hey,</p>
<p>The problem is likely that pdb2gmx created the bond. It will have given a long bond warning. You can add a ter statement in the pdb file at the break.</p>
<p>Cheers,</p>
<p>Tsjerk</p>
<p><blockquote type="cite">On Mar 26, 2012 5:49 AM, &quot;Mark Abraham&quot; &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt; wrote:<br><br><p><font color="#500050">On 26/03/2012 12:20 PM, Jackson Chief wrote:
&gt;
&gt; I made a model of a receptor protein, bilayer, and ...</font></p>
You have to treat this gap somehow. Either you have to cap the peptide chains (see pdb2gmx -h), or model in the missing residues using some (non-GROMACS) software.<p><font color="#500050">

&gt;
&gt; When I performed equilibration, the output had the C-terminus of one protein fragment connecte...</font></p>
.gro files have coordinates, never bonds. Since you haven&#39;t described how you are treating the gap, and haven&#39;t said how you&#39;ve observed the &quot;creation&quot; of a peptide bond, it&#39;s hard to give specific guidance.<font color="#888888"><br>

<br>
Mark<br>
-- <br>
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