Dear Gromacs Users!<br><br><br><br>I have some questions about PCA implemented in Gromacs.<br><br><br>1- I want to increase amplitude of the motions seen on the selected PCs but I can&#39;t found scalling factor option for that.<br>
<br><br>2- I have calculated MD trajectory for my protein. From this trajectory I want to find some relevant motions by means of PCA analysis. Also I have dataset of the experimental structures of that protein where this motion also presents ( e.g active and innactive conformations of my protein included in my dataset) As the consequence I want to compare overal direction of the motion observed along some PCs calculated from MD trajectory ( it&#39;s called EDA) with the motion observed olong other PCs wich was calculated from the enssemble of the pdb structures. As I&#39;ve noticed via  g_anaeig I can compare such datasets by means of -v and -v2 flaggs. For this purpose I must make trajectory for my X-ray structures at first and load it with the MD trajectory into the g_anaeig -v md.trr -v2 x_ray.trr. Would this aproach be correct in general ? What should I do if both of my datasets consist of different number of backbone atoms (due to some missing residues in the X-ray data) ?<br>
<br><br>Thanks for help,<br><br><br>James<br>