<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><br> <div style="font-family: times new roman,new york,times,serif; font-size: 12pt;">Dear All,<br><br>In "http://www.gromacs.org/Documentation/How-tos/REMD", the first sentence is "Replica-Exchange Molecular Dynamics (REMD) is a technique used to enhance sampling relative to a standard <a title="Documentation/Terminology/Molecular_Dynamics_Simulations" rel="internal" href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Molecular_Dynamics_Simulations">molecular dynamics simulations</a>
 by allowing systems of similar potential energies to sample 
conformations at different temperatures. By doing so, energy barriers on
 the potential energy surface might be overcome, allowing for the 
exploration of new conformational space."<br><br>It sepcifically mentioned "by allowing systems of <span style="font-weight: bold;">similar potential energies</span> to sample 
conformations at different temperatures". What I want to know is that at different temperature, protein can have extremely different potential energies, thus how the REMD gurantees "<span style="font-weight: bold;">similar potential energies</span>"?<br><br>I am looking forward to getting a reply from you.<br><br>Cheers,<br><br>Acoot<br> </div>  </div></body></html>