Hi Gromacs users ,<br>as per the link given on gromacs website...<br><a class="external text" href="http://nmr.chem.uu.nl/%7Etsjerk/course/molmod/" rel="nofollow" title="http://nmr.chem.uu.nl/~tsjerk/course/molmod/">Introduction to Molecular Dynamics Simulations and Analysis</a>
 - Tutorial for performing and analyzing simulations of proteins. 
Includes examples of many of the gromacs analysis tools and addresses a 
number of issues that are commonly raised on the GROMACS user list. This
 tutorial uses GROMACS version 3.3.1 (Tsjerk A. Wassenaar).<br><br><br>editconf -f protein-EM-vacuum.pdb -o protein-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1.0 
<br><br>mdp file parameter are as follow ,<br><pre>coulombtype              = Reaction-Field
rcoulomb                 = 1.4
epsilon_rf               = 78
epsilon_r                = 1
vdw-type                 = Cut-off
rvdw                     = 1.4<br> <br> so my query  is ..<br></pre>As mention in manual ...<br>(Page no 14  manual 4.5.4  I am using the Gromacs 4.5.4  )<br><b>This means that the length of each box vector must exceed the length of the macromolecule in the<br>
direction of that edge plus two times the cut-off radius Rc </b>. <br>    <i>In  the tutorial  -d 1.0  is less than 1.4  .</i>..<br> I noticed that manual version and tutorial  gromacs version are different ...<br>But it raise a lot of confusion  for new users like me..<br>
 <br>1. Is the -d .. should be equal  or more than cutt off ???<br>             or <br> Is the -d   .. should be equal or more than cutt-off??<br><br><br><br>