<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>29 mar 2012 kl. 04.10 skrev Weilong Zhao:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">Hi,<div><br></div><div>I was trying to calculate the pressure tensors for one of my solid crystal systems. I notice that g_energy does have this option---pressure xx, pressure yy and pressure zz, however the results seem to be a function of running time. How can I extract information about pressure tensor at different position of my solid system? If gromacs allows me to do so, do I need to integrate the tensor value from one position to another position?</div>
<div>Thanks very much for reading! Your kind help is greatly appreciated.<br clear="all"><div><br></div></div></blockquote><div><br></div><div>I don't think that's possible, considering how gromacs calculates the pressure from the virial. See section 4.8.2 of the manual.</div><div><br></div><div>Erik</div><br><blockquote type="cite"><div>-- <br><font size="4"><span style="font-family:arial,helvetica,sans-serif">Weilong Zhao</span></font><br><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">Graduate Student</span><br style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">
<span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">Department of Polymer Science</span><br style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)"><span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">University of Akron</span><br style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">
<span style="font-family:verdana,sans-serif;color:rgb(51,102,102)">Akron, OH 44325</span><br><br>
</div>
-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div><div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>