Dear Felix,<div><br></div><div>Thanks for suggestions. I will try it now.  <br><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 29, 2012 at 5:40 PM, Rausch, Felix <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:frausch@ipb-halle.de">frausch@ipb-halle.de</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">





<div lang="EN-US" link="blue" vlink="purple">
<div>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Hello,<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">The results of the energy minimization look reasonable. Nevertheless, you should (visually) check your equilibration starting structure for problems (e.g. clashes
 that could not be solved by EM). It would be a good idea to concentrate on the atom numbers given in the error messages.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">To prevent the “exploding” system during equilibration, reducing the time step may be a good idea. Or you could start with a short NVT run first to equilibrate
 the temperature before switching to NPT. Furthermore, the coupling of ions in a single thermostat group is in general not a good idea (search the mailing list for many discussions about this topic).<u></u><u></u></span></p>

<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d">Good luck.<u></u><u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><span style="font-size:11.0pt;font-family:&quot;Calibri&quot;,&quot;sans-serif&quot;;color:#1f497d"><u></u> <u></u></span></p>
<p class="MsoNormal"><b><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;">Von:</span></b><span lang="DE" style="font-size:10.0pt;font-family:&quot;Tahoma&quot;,&quot;sans-serif&quot;"> <a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a> [mailto:<a href="mailto:gmx-users-bounces@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-bounces@gromacs.org</a>]
<b>Im Auftrag von </b>Hendry<br>
<b>Gesendet:</b> Donnerstag, 29. März 2012 11:25<br>
<b>An:</b> Discussion list for GROMACS users<br>
<b>Betreff:</b> [gmx-users] Not able to continue with Equilibration<u></u><u></u></span></p><div><div class="h5">
<p class="MsoNormal"><u></u> <u></u></p>
<p class="MsoNormal">Hi,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-indent:24.0pt">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
I am using Gromacs 4.5.4. After successful minimization by SD, I continued with equilibration step but I got the below errors. I tried many times with different parameters but the problem still persists. I have given errors and md parameters of equilibration
 step below. I have also provided my minimization output at the end. Could you provide some suggestions what went wrong?.
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
Many thanks<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
 <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
Sincerely<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal" style="text-align:justify">
Hendry   <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:16.0pt">Errors:</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Warning: 1-4 interaction between 2969 and 2974 at distance 5.543 which is larger than the 1-4 table size 2.400 nm<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">These are ignored for the rest of the simulation<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">This usually means your system is exploding,<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">if not, you should increase table-extension in your mdp file<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">or with user tables increase the table size<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Step 1, time 0.002 (ps)  LINCS WARNING<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">relative constraint deviation after LINCS:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">rms 92.242942, max <a href="tel:9194.071289" value="+19194071289" target="_blank">9194.071289</a> (between atoms 3025 and 3024)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">bonds that rotated more than 30 degrees:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> atom 1 atom 2  angle  previous, current, constraint length<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2987   2973  106.3    1.3892   7.3433      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2974   2973  174.8    1.1940   7.7482      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2975   2974   79.9    0.1865   1.4460      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2978   2975   98.5    0.1423   0.6164      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2982   2978   86.1    0.1421   0.6512      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2979   2978   89.8    0.1114   5.2456      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2989   2987  132.2    0.1781   2.6697      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2988   2987  142.2    0.2284   2.7180      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2971   2969   62.9    7.0921   3.5084      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2970   2969   88.1    6.8598   4.7791      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2973   2971  120.6    2.8109   8.8274      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2972   2971  165.6    2.0293   6.9953      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3016   3013  103.1    0.5628  65.6450      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3014   3013   39.0    0.3331   5.0018      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3017   3014   81.6    0.1827  57.9252      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3015   3014   77.9    0.0752   6.3613      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3020   3016   81.3    2.2255  79.7378      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3019   3016  100.9    0.4862  54.4883      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3019   3017   79.3    0.1679  57.8415      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3018   3017   94.5    0.1686  66.3440      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3022   3019   87.7    0.5657   7.7539      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3026   3022  104.5    0.8085  54.9923      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3023   3022   87.4    0.6108   5.0641      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2968   2964  174.1    1.5617   5.1413      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2965   2964   59.5    5.2178   4.0658      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2969   2965   35.5    7.6693   2.9000      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2966   2965  137.3    5.3225   4.6157      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2967   2966  150.3    1.6016   1.7332      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2968   2967   72.4    0.1685   1.8310      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3026   3024   94.8    0.8572  96.6156      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3025   3024   89.9    0.6811 1002.2628      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3027   3026  108.0    1.1638  47.5384      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2991   2989  138.2    0.2045   0.6556      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2990   2989  157.0    0.1236   0.7213      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2998   2991   89.9    0.1961   0.9471      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2992   2991   79.5    0.1931   0.5434      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2993   2992   49.8    0.1577   0.1862      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3000   2998   84.9    0.1463   0.5492      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2999   2998   83.3    0.1346   0.5372      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3002   3000   44.2    0.1535   0.2150      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3003   3002   31.6    0.1548   0.1834      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3009   3007   62.4    0.1507   0.3181      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3008   3007   44.1    0.1280   0.1578      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3011   3009   80.3    0.2401   1.9894      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3010   3009   82.9    0.1141   0.3157      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3028   3011   85.2    0.2391   1.9233      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3012   3011   97.9    0.3034   4.9831      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3013   3012   82.4    0.3759   7.3991      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3024   3020   85.6    2.4674  98.3412      0.1390<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3021   3020   81.0    1.2452  66.1375      0.1090<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3030   3028   88.9    0.1492   0.2673      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   3029   3028   61.2    0.1379   0.2407      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  49372  49371   89.5    0.1000 221.0566      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  49373  49371   92.4    0.1000 170.7231      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2956   2954  153.4    0.1550   3.5621      0.1470<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2955   2954  135.5    0.1246   0.8967      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2962   2956   76.6    0.7151   5.0532      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2957   2956  178.7    0.1220   3.9773      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2958   2957  155.0    0.2036   1.2639      0.1530<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2961   2959   34.5    0.1265   0.1186      0.1250<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2960   2959   30.4    0.1264   0.1346      0.1250<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2964   2962  114.9    1.7422   7.9205      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2963   2962  156.9    0.4832   6.1127      0.1230<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  53158  53157   90.0    0.1000   0.1575      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  53159  53157   90.0    0.1000   0.1747      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  53386  53385   90.0    0.1000   0.1537      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">  53387  53385   56.5    0.1000   0.0962      0.1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">   2954   2952   68.7    0.1615   0.7870      0.1330<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Back Off! I just backed up step1b_n2.pdb to ./#step1b_n2.pdb.1#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Back Off! I just backed up step1c_n2.pdb to ./#step1c_n2.pdb.1#<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Wrote pdb files with previous and current coordinates<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Program mdrun, VERSION 4.5.4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Source code file: pme.c, line: 538<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Fatal error:<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">10 particles communicated to PME node 2 are more than 2/3 times the cut-off out of the domain decomposition cell of their charge group in dimension x.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">This usually means that your system is not well equilibrated.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">website at
<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">-------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">&quot;They Were So Quiet About It&quot; (Pixies)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Error on node 2, will try to stop all the nodes<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Halting parallel program mdrun on CPU 2 out of 4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">gcq#37: &quot;They Were So Quiet About It&quot; (Pixies)<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">MPI_ABORT was invoked on rank 2 in communicator MPI_COMM_WORLD<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">with errorcode -1.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">NOTE: invoking MPI_ABORT causes Open MPI to kill all MPI processes.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">You may or may not see output from other processes, depending on<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">exactly when Open MPI kills them.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">--------------------------------------------------------------------------<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">mpirun has exited due to process rank 2 with PID 30681 on<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">node ymu039-107 exiting without calling &quot;finalize&quot;. This may<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">have caused other processes in the application to be<u></u><u></u></p>
<div style="border:none;border-bottom:solid windowtext 1.0pt;padding:0cm 0cm 1.0pt 0cm">
<p class="MsoNormal">terminated by signals sent by mpirun (as reported here).<u></u><u></u></p>
</div>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:16.0pt">Equilibration parameters</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">title               =  TM1 in a POPC bilayer at 100K<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">cpp               =  /lib/cpp<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">integrator       =  md<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">define            =  -DPO1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Output<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">dt                  =  0.002   ; ps !<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nsteps            =  100000 ; total 200 ps.<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstcomm         =  1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstxout            =  5000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstvout            =  5000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstfout             =  0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstlog              =  500<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstenergy        =  500<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstxtcout          =  500<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">xtc_precision    =  1000<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Electrostatics and VdW<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">nstlist              =  5<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pbc                =  xyz<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">rlist                =  1.2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">coulombtype         =  PME<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">rcoulomb            =  1.2<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">fourierspacing        =  0.16<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pme_order            =  4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">rvdw                 =  1.4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">constraints          =  all-bonds<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">optimize_fft         =  yes<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">constraint-algorithm =  lincs<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lincs-order          =  4<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">lincs_iter           =  1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; berendsen temperature coupling<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Tcoupl               =  berendsen<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">tc-grps              =  Protein POPC SOL  CL<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">tau_t                =  0.1     0.1  0.1  0.1<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ref_t                =  100     100  100  100<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Energy monitoring<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">energygrps           =  Protein POPC SOL CL<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Isotropic pressure coupling<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pcoupl               =  parrinello-rahman<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">pcoupltype           =  semiisotropic<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">tau_p                =  1.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">compressibility      =  4.5e-5    4.5e-5  
<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">ref_p                =  1.0 1.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">; Generate velocity is on 100K<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">gen_vel              = yes<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">gen_temp             = 100.0<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">gen_seed             = 173529<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"> <u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal"><b><span style="font-size:16.0pt">SD minimization ouput:</span></b><u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Steepest Descents converged to Fmax &lt; 1000 in 23239 steps<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Potential Energy  = -1.0507182e+06<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Maximum force   =  9.8500549e+02 on atom 5087<u></u><u></u></p>
<p class="MsoNormal">Norm of force    =  2.4736889e+01<u></u><u></u></p>
</div></div></div>
</div>

<br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br></div></div>