<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; ">Ah. -666 is used whenever the sitting of the kinetic model fails to converge. This is a poor way of signalling that something went wrong that should be changed. Again, did you *look* at the acf?<div><br></div><div>Erik<br><div><br><div><div>30 mar 2012 kl. 11.53 skrev Nidhi Katyal:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite">for another system (at 250K) also i have calculated hydrogen bond lifetime using:<div>hbond -f *.xtc -s *.tpr -ac *.xvg -num *.xvg -life *.xvg -temp 250</div><div>&nbsp;whose&nbsp;output is :</div><div><div><div>acf &nbsp;14477/14477</div>
<div>normalization for c(t)=0.0135742 for gh(t)=6.78702e-05&nbsp;<br>hydogen bond thermodynamics at T=250K</div><div>fitting parameters chi^2 = 3.89447e-06</div><div>Type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;rate &nbsp; &nbsp; &nbsp; time &nbsp; &nbsp; &nbsp;DG &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;chi^2</div><div>
forward &nbsp; &nbsp; &nbsp;-1.201 &nbsp; -0.833 &nbsp; -666.000 &nbsp; 3.89447e-06</div><div>backward &nbsp; -0.354 &nbsp; -2.823 &nbsp; -666.000 &nbsp;&nbsp;</div><div>......</div><div><br></div><div>Here again i am getting negative hydrogen bond lifetime.</div><div>Please suggest me where i am getting wrong and what does negative lifetime mean?</div>
<div>Thank you in advance.</div><div><br></div><div><br><div class="gmail_quote">On Thu, Mar 29, 2012 at 12:56 PM, Erik Marklund <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a>&gt;</span> wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div style="word-wrap:break-word"><br><div><div>29 mar 2012 kl. 18.47 skrev Nidhi Katyal:</div><div><div class="h5"><br>
<blockquote type="cite">Dear All<div>I would like to know the strength of the given bond by calculating the lifetime of that bond.For the same reason i used:</div><div>g_hbond -f *.xtc -s *.tpr -ac *.xvg -temp 300 -num *.xvg -life *.xvg</div>
<div>
and i got:</div><div>Type &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;Rate(1/ps) &nbsp;Time(ps) &nbsp;...</div><div>Forward &nbsp; &nbsp;-0.182 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;-5.495</div><div>.......</div><div>HB lifetime=50.60ps</div><div>Note that the lifetime obtained in this manner is close to useless.Use the -ac option instead and check the forward lifetime.</div>

<div>..</div><div>Will it be correct to say that lifetime is -5.495ps (looking at forward time)? But then what does negative lifetime implies?</div><div>Thanks in advance.</div></blockquote><div><br></div></div></div><div>
Seems weird. Could the amount of underlying data be insufficient? Have you looked at the acf?</div><div><br></div><div>Erik</div><br><blockquote type="cite">
-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a></blockquote>
</div><br><div>
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;text-align:-webkit-auto;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<span style="text-indent:0px;letter-spacing:normal;font-variant:normal;font-style:normal;font-weight:normal;line-height:normal;border-collapse:separate;text-transform:none;font-size:medium;white-space:normal;font-family:Helvetica;word-spacing:0px"><div style="word-wrap:break-word">
<div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div>
<div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se" target="_blank">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html" target="_blank">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div>
</div></span></div></span></span>
</div>
<br></div><br>--<br>
gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br></div></div></div>
-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div><div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div></div></span></div></span></span>
</div>
<br></div></div></body></html>