Dear Gromacs Users!<br><br><br>I have some system wich consist of protein in membrane-mimicking layer surrounded by water. I want to modify my existing system by adding small peptide fragment to this system. I want to dock this peptide to the some part of my protein wich is situated  in the bottom water layer.<br>
<br>While doing such task I&#39;ve aligned both of the components of new system in one desired dimmension so as the consequence I have peptide.gro file in the desired orientation relative to my system.<br><br>Now as I understood there are 2 possible ways<br>
<br>1- Manually copy_past peptide.gro into the system and run minimisation.<br><br>2- More accuracy- using genbox for such task<br><br>genbox -cp Gs.gro -cs system.gro -o new.gro<br><br>where Gs.gro is my peptide and system.gro is the system.<br>
<br>But when I&#39;ve tried such task I&#39;ve obtain only peptide as well as some solvent ( small part of water) as the consequence. How I could fix it to obtain desired system with the removed overlapping water with the new peptide ? What are the additions tips could you provide me about such docking ?<br>
<br>Thanks,<br><br>JAmes<br>