<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt"><div><span>Thanks for the quick reply!</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Well,
 i tried to address the index file "indes.ndx" but as you already told 
me the file doesn't exist in the working directory. I actually don't 
have any idea how to solve this. Let me post all the routines i did so 
far so you can have a better idea of my problem.</span></div><div><br><span></span></div><div><span>I sarted with:</span></div><div><br><span></span></div><div><span>pdb2gmx_d -f <span style="font-weight:bold;">arath.pdb</span> -o <span style="font-weight:bold;">sistema.pdb</span> -p <span style="font-weight:bold;">sistema.top </span><span>(bold text are tmy files)</span><span style="font-weight:bold;"><br></span></span></div><div><br><span></span></div><div><span>Wich gave me the following files:</span></div><div><span>-
 posre.itp</span></div><div><span>- sistema.gro</span></div><div><span>- sistema.top</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Then:</span></div><div><br><span></span></div><div><span>editconf_d -bt dodecahedron -princ -f sistema.gro -o sistema_box.gro -c -d 1.0</span></div><div><br><span></span></div><div><span>Then: <br></span></div><div><span><br></span></div><div><span>genbox_d -cp sistema_box.gro -cs spc216.bro -o sistema_boxwater.gro -p sistema.top</span></div><div><br><span></span></div><div><span>And
 the after that i used grompp_d wich returned me the input/output error.
 After that i keep failing miserably. Do i have to create an index.ndx 
file artificially inside the working directory?<br></span></div><div><span><br></span></div><div><br></div><div><br></div>  <div style="font-family: arial, helvetica, sans-serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">De:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">Para:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Enviadas:</span></b> Sexta-feira, 30 de Março de 2012 20:42<br> <b><span style="font-weight: bold;">Assunto:</span></b> Re: [gmx-users] index.ndx files<br> </font> </div> <br><div id="yiv253042688">
  

    
  
  <div>
    On 31/03/2012 10:39 AM, Eduardo Oliveira wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color:#000;background-color:#fff;font-family:arial, helvetica, sans-serif;font-size:12pt;">
        <div>Hi,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I'm trying to set up a configuration file to but i keep
          gettin an error after the grompp_d run. I'm using the command
          line as follows:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>grompp_d -f <span style="font-weight:bold;">stpr.mdp</span>
          -c <span style="font-weight:bold;">sistema_boxwater.gro</span>
          -p <span style="font-weight:bold;">sistema.top</span> -o <span style="font-weight:bold;">sistema_stpr.tpr</span> -n <br>
        </div>
        <div><span style="background-color:rgb(255, 255, 0);">Text in
            bold correspond to my files.</span><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>This is what i got:</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>File input/output error:<br>
          index.ndx</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    If you specify -n, then grompp needs to be able to find and read a
    file. The default filename is index.ndx, but that isn't working. You
    need to find out why.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </div>

</div><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org" href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>