Justin,<br><br>Sorry that I can&#39;t provide you with such information now because that data have been left in my lab workstation. Tomorrow I&#39;ll find all this logs and attach it to this topic. Also I&#39;ve run more properly CG minimisation ( EMtool=0.01) in double precission mode. I&#39;ll check this results too and attach all logs here. <br>
<br><br>Many thanks again for help<br><br>James<br><br><div class="gmail_quote">31 ÍÁÒÔÁ 2012šÇ. 21:57 ÐÏÌØÚÏ×ÁÔÅÌØ Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> ÎÁÐÉÓÁÌ:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
<br>
James Starlight wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Justin,<br>
<br>
31 ÍÁÒÔÁ 2012 Ç. 18:18 ÐÏÌØÚÏ×ÁÔÅÌØ Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a> &lt;mailto:<a href="mailto:jalemkul@vt.edu" target="_blank">jalemkul@vt.edu</a>&gt;&gt; ÎÁÐÉÓÁÌ:<div class="im">
<br>
<br>
<br>
 š šStart by inspecting the initial configuration in the vicinity of<br>
 š šthese atoms. Something is likely clashing here.<br>
<br>
<br>
Yes, I&#39;ve checked both of the proteins and found that the problem atoms were situated exactly in the docked region of the both proteins. So It seems that there are some clashes between atoms in the docked site. By the way this site of the first protein ( Receptor) consist of 2 flexible loops and the rigid helix from the second protein. ( fragment of G-protein) Might the energy minimisation solve this problem generally ? ( e.g by means of CG minimisation to very low forces aplied on atoms). Is there any possible ways to change conformation of the flexible loops during minimisation\ equilibration phases without aplication of any external forces?<br>

<br>
</div></blockquote>
<br>
Proper EM should resolve such clashes, but under normal circumstances that should have happened already. šYou may have to do EM in vacuo before adding any solvent to allow for proper resolution of clashes. šI&#39;m only guessing at this point. šI have asked twice for the output of your previous EM attempts, which would give me a much better idea of where things stand. šSince you haven&#39;t answered those questions, I&#39;ll leave it up to you to try to resolve. šGood luck.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>

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-Justin</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
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Justin A. Lemkul<br>
Ph.D. Candidate<br>
ICTAS Doctoral Scholar<br>
MILES-IGERT Trainee<br>
Department of Biochemistry<br>
Virginia Tech<br>
Blacksburg, VA<br>
jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.<u></u>vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br>
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gmx-users mailing list š š<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
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