<b>SIMULATION OF LYSOZYME IN WATER USING GROMACS-4.0.5<br></b><br>STEP: TO NEUTRALIZE THE +8 CHARGE WITH 8 CL- MOLECULES<b><br><br><br>COMMAND GIVEN : <br><br>[root@localhost gromacs-4.0.5]# genion -s ions.tpr -o 1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -nn 8</b><br>

                         :-)  G  R  O  M  A  C  S  (-:<br><br>               GRoups of Organic Molecules in ACtion for Science<br><br>                            :-)  VERSION 4.0.5  (-:<br><br><br>      Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br>

       Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br>             Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br>            check out <a href="http://www.gromacs.org/" target="_blank">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br>

<br>         This program is free software; you can redistribute it and/or<br>          modify it under the terms of the GNU General Public License<br>         as published by the Free Software Foundation; either version 2<br>

             of the License, or (at your option) any later version.<br><br>                                :-)  genion  (-:<br><br>Option     Filename  Type         Description<br>------------------------------------------------------------<br>

  -s       ions.tpr  Input        Run input file: tpr tpb tpa<br>-table    table.xvg  Input, Opt.  xvgr/xmgr file<br>  -n      index.ndx  Input, Opt.  Index file<br>  -o 1AKI_solv_ions.gro  Output       Structure file: gro g96 pdb<br>

  -g     genion.log  Output       Log file<br>-pot        pot.pdb  Output, Opt. Protein data bank file<br>  -p      topol.top  In/Out, Opt! Topology file<br><br>Option       Type   Value   Description<br>------------------------------------------------------<br>

-[no]h       bool   no      Print help info and quit<br>-nice        int    19      Set the nicelevel<br>-[no]xvgr    bool   yes     Add specific codes (legends etc.) in the output<br>                            xvg files for the xmgrace program<br>

-np          int    0       Number of positive ions<br>-pname       string NA      Name of the positive ion<br>-pq          int    1       Charge of the positive ion<br>-nn          int    8       Number of negative ions<br>

-nname       string CL      Name of the negative ion<br>-nq          int    -1      Charge of the negative ion<br>-rmin        real   0.6     Minimum distance between ions<br>-[no]random  bool   yes     Use random placement of ions instead of based on<br>

                            potential. The rmin option should still work<br>-seed        int    1993    Seed for random number generator<br>-scale       real   0.001   Scaling factor for the potential for -pot<br>-conc        real   0       Specify salt concentration (mol/liter). This will<br>

                            add sufficient ions to reach up to the specified<br>                            concentration as computed from the volume of the<br>                            cell in the input tpr file. Overrides the -np and<br>

                            nn options.<br>-[no]neutral bool   no      This option will add enough ions to neutralize<br>                            the system. In combination with the concentration<br>                            option a neutral system at a given salt<br>

                            concentration will be generated.<br><br>WARNING: turning of free energy, will use lambda=0<br>Reading file ions.tpr, VERSION 4.0.5 (single precision)<br>Using a coulomb cut-off of 1 nm<br>Will try to add 0 NA ions and 8 CL ions.<br>

Select a continuous group of solvent molecules<br>Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/aminoacids.dat<br>Group     0 (      System) has 39055 elements<br>Group     1 (     Protein) has  1960 elements<br>

Group     2 (   Protein-H) has  1001 elements<br>Group     3 (     C-alpha) has   129 elements<br>Group     4 (    Backbone) has   387 elements<br>Group     5 (   MainChain) has   517 elements<br>Group     6 (MainChain+Cb) has   634 elements<br>

Group     7 ( MainChain+H) has   646 elements<br>Group     8 (   SideChain) has  1314 elements<br>Group     9 ( SideChain-H) has   484 elements<br>Group    10 ( Prot-Masses) has  1960 elements<br>Group    11 ( Non-Protein) has 37095 elements<br>

Group    12 (         SOL) has 37095 elements<br>Group    13 (       Other) has 37095 elements<br>Select a group: 12<br>Selected 12: &#39;SOL&#39;<br>Number of (3-atomic) solvent molecules: 12365<br><br>Processing topology<br>

Replacing 12357 solute molecules in topology file (topol.top)  by 0 NA and 8 CL ions.<br><br><span style="color:rgb(255,0,0)">Back Off! I just backed up topol.top to ./#topol.top.2#</span><br style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 1450 (atom 6310) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)">

<span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 9368 (atom 30064) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 6035 (atom 20065) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)">

<span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 10461 (atom 33343) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 4117 (atom 14311) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)">

<span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 1980 (atom 7900) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)"><span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 4774 (atom 16282) with CL</span><br style="color:rgb(255,0,0)">

<span style="color:rgb(255,0,0)">Replacing solvent molecule 10956 (atom 34828) with CL</span><br><br><u>THE PROBLEM FACED IS</u>:<br>THE REPLACED CL MOLECULES CANNOT BE SEEN IN THE UPDATED TOPOLOGY FILE. PLEASE TELL ME HOW TO ANALYSE IT.