Justin,<br><br>I&#39;ve minimised my system to emtool=1.0<br>but the error still occurs<br><br><br><div class="gmail_quote">31 อมาิม 2012šว. 16:27 ะฯฬฺุฯืมิลฬุ Justin A. Lemkul <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt;</span> ฮมะษำมฬ:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div class="im"><br></div>
Separate COM motion removal groups are tricky. šI&#39;m still not completely clear on what your system looks like, but if you&#39;ve got two proteins in two layers of solvent and you expect one or both of them to move in such a way that they begin to interact, it may not be appropriate to be using the groups you&#39;ve shown below.</blockquote>
<div><br>šMy system consist of membrane receptor in membrane-like bilayer surrounded by water. Also part of the receptor is in the water layer. To this part wich are in the water another water-soluble protein ( part of the G-protein) has been attached.<br>
</div><div><br>š</div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><div class="im"></div>
And what was the exact outcome?</blockquote><div><br>This is the error log<br><br>Getting Loaded...<br>Reading file nvt.tpr, VERSION 4.5.4 (single precision)<br>Loaded with Money<br><br><br>Step 0, time 0 (ps)š LINCS WARNING<br>
relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 0.002373, max 0.102422 (between atoms 1387 and 1388)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>šatom 1 atom 2š angleš previous, current, constraint length<br>starting mdrun &#39;B2ar_in_Ccl4 in water&#39;<br>
500000 steps,šš 1000.0 ps.<br><br>Step 0, time 0 (ps)š LINCS WARNING<br>relative constraint deviation after LINCS:<br>rms 73.552702, max 3051.386475 (between atoms 8551 and 8552)<br>bonds that rotated more than 30 degrees:<br>
šatom 1 atom 2š angleš previous, current, constraint length<br>šš 1407šš 1412šš 34.8ššš 0.1530šš 0.1955ššššš 0.1530<br>šš 1407šš 1408šš 35.2ššš 0.1530šš 0.1943ššššš 0.1530<br>šš 1405šš 1407š 152.5ššš 0.1471šš 0.1638ššššš 0.1470<br>
šš 1405šš 1406š 123.6ššš 0.1001šš 0.2394ššššš 0.1000<br>etc - the above- part of atoms of the first protein<br><br><br>šš 8519šš 8520šš 44.3ššš 0.1001šš 0.1498ššššš 0.1000<br>šš 8517šš 8519šš 41.6ššš 0.1331šš 0.1901ššššš 0.1330<br>
šš 8478šš 8480šš 54.9ššš 0.1330šš 0.1555ššššš 0.1330<br>šš 8478šš 8479šš 44.8ššš 0.1230šš 0.1262ššššš 0.1230<br>šš 8465šš 8478šš 52.7ššš 0.1530šš 0.1491ššššš 0.1530<br>this is part of atoms of the second protein<br><br><br>
Also I&#39;ve attached my nvt.mdp file<br><br>in this file<br>ša_1-4232 is the first protein<br>ša_8365-8643 is the second protein.<br><br><br>What&#39;s wrong with this system?<br><br>James<br><br><br>š<br></div></div>