Mark,<br><br><br>I&#39;ve forced with some problems during MDrun of such system with the two proteins.<br><br>Firstly, after addition of second protein, I&#39;ve removed all water and ions and solvated my system with genbox and genion.<br>
<br>Than I&#39;ve redefined groups of my proteins ( wich are like a_1-4000 and a_4001-5000 ) in index.ndx file in the separate T_coupl, COM and energygroups because atom order was perturbed after solvation.<br><br>Than I&#39;ve minimized my systemš with the Emtool=500<br>
<br>The problems were on the nvt equilibration phase with the posres applied on the both proteins. I have no errors, notes or warninngs from GROMPP but when I&#39;ve started my simulation with MDrun my system was crushed on the 1st step with the multiple LINKS warnings as well as message that something wrong with interactions between 1st protein atoms and surrounded water ( as I&#39;ve said previously after addition of the second protein to my system I&#39;ve resolvated my system again). <br>
<br>Might my system be not properly minimizedš or does something wrong else in addition?<br><br><br>James<br>š<br><div class="gmail_quote">31 ÍÁÒÔÁ 2012šÇ. 2:20 ÐÏÌØÚÏ×ÁÔÅÌØ Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> ÎÁÐÉÓÁÌ:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div bgcolor="#FFFFFF" text="#000000"><div class="im">
    On 31/03/2012 1:00 AM, James Starlight wrote:
    <blockquote type="cite">Mark,<br>
      <br>
      <br>
      Also I&#39;d like to know some more about most correct parametrisation
      of such new edited system. My new system consist of two proteins (
      one- wich was initially and the second small peptide wich I&#39;ve
      docked to the first protein). So now I need to define 2 separate
      groups for the below enties of my MD files<br>
      <br>
      <font face="Arial"><font size="3"><code>energygrps = Protein
            peptide<br>
          </code></font></font>
      <pre>tc-grps     = Protein_Bilayer SOL_ions_peptide

and finally CoM groups because of the general anisotropy of the membrane system


comm-grps        = Protein_Bilayer SOL_Ions_Peptide

I&#39;ve made itp file for the peptide via pdb2gmx so in th default definition both the protein and peptide are the protein enty in the index file.

I&#39;ve separate both of the protein and peptide by selection of two subsets of atoms wich represent to the each of that enties.


So finally I have two groups in the index.ndx file

a_1-5000  ( it&#39;s protein)
a_9999-10500 (it&#39;s peptide)
</pre>
    </blockquote>
    <br></div>
    You can use make_ndx (or a text editor on the .ndx file) to give
    them more helpful names.<div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <pre>Does this separation correct in general ? I have some fears because both protein and peptide consist of the same residue numbers in the GRO file ( e.g there are 212- lys wich is part of the protein and 212-Pro wich is part of the peptide ) Might this system be tended to errors?
</pre>
    </blockquote>
    <br></div>
    Residue numbers are largely irrelevant. pdb2gmx and maybe grompp use
    them for matching a coordinate file to the .rtp and .top
    (respectively), but only really in the sense that the number changes
    from one residue to another.<div class="im"><br>
    <br>
    <blockquote type="cite">
      <pre>I have no errors during processing of that sustem by grompp as well as md run. What should I do for such system consisted of two proteins in separate phases ( membrane-like and water)
?
</pre>
    </blockquote>
    <br></div>
    All seems basically sound.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
    <br>
    Mark<br>
  </font></span></div>

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