Hi all,<br><br>I have an enquiry regarding calculation of heat of vaporization by estimating intermolecular nonbonded energies using mdrun rerun option. mdrun -rerun should break the total nonbonded energy coming from nonboded energy of (different molecules + a molecule with itself). By setting appropriate nrexcl in top file I am trying to exclude nonbonded part of molecule with itself within cut off radius so what remains would be intermolecular nonbonded energy between different molecules which determines heat of vaporization. <br>
<br>1) Is this approach correct?<br><br>2) If yes, can you please check the way I am applying mdrun rerun:<br>

<br>grompp -p nrexcl_3.top -o total_nonbonded.tpr   <br><br>mdrun -deffnm total_nonbonded -s -o -c -g -e  <br><br>I am done with these 5ns runs and now intend to exclude nonbonded interaction on a chain by increasing nrexcl in top file named nrexcl_new.top<br clear="all">
<br>grompp -p nrexcl_new.top -o new.tpr<br><br>mdrun -rerun total_nonbonded.trr -s new.tpr -o new -c new -g new -e new <br><br>2) Am I doing this correctly? I doubt because I provide  -rerun total_nonbonded.trr but dont know how to introduce  -rerun total_nonbonded.edr so that new energies get written on it? <br>
<br>3) If I want to re-calculate only the last 1 ns of runs (after system is equilibrated), can I use -b 4000 ? i.e.:<br><br>mdrun -rerun total_nonbonded.trr -s new.tpr -o new -c new -g new -e new -b 4000<br><br>-- <br>Thanks for your help, :)<br>
Best,<br><br>