<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear All,</div><div>&nbsp;</div><div>In the on-line tutorial "<font color="#0066cc">Umbrella Sampling</font> " by<strong>Justin Lemkul in "http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/umbrella/05_pull.html"</strong>&nbsp;, there is a command "grompp -f md_pull.mdp -c npt.gro -p topol.top -n index.ndx -t npt.cpt -o pull.tpr". Here is the index.ndx exactly same as following?</div><div>&nbsp;</div><div>make_ndx -f npt.gro<br>(&gt; indicates the make_ndx prompt)<br>&gt; r 1-27<br>&gt; name 19 Chain_A<br>&gt; r 28-54<br>&gt; name 20 Chain_B<br>&gt; q<br></div><div>&nbsp;</div><div>Then what is the meaning of "r1-27", what is the meaning of " name 19 Chain_A", and what is the meaning of "q"?</div><div>&nbsp;</div><div>Suppose I have a protein-peptide complex A, the protein is of 400 aas,the peptide is 20
 aas. Suppose I have another protein-peptide complx B, and the only difference beteen protein complex A and complex B is that in position 3 of peptide of complex A, it is Ala. In the coresponsing position of the peptide of complex B, it is Arg.</div><div>&nbsp;</div><div>Can the results of this Umbrella Sampling calculation be accurate enough to show that the binding energy between the protein and peptide in complex A and B is different and cuurently reflects the fact that the difference is caused by the substitution of Ala by Arg?</div><div>&nbsp;</div><div>I am looking forward to getting a reply from you.</div><div>&nbsp;</div><div>Cheers,</div><div>&nbsp;</div><div>Acoot<var id="yui-ie-cursor"></var></div></div></body></html>