<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div><span>Hi Mark,</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>As for the pdb2gmx is the first step, there is still no gro file and rtp file produced by this step.</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>In addition, in my protein the first residue is Resi 71, which means there is no resi 5 at all.</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>I am looking forward to getting your suggestion.</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>Cheers,</span></div><div><span></span>&nbsp;</div><div><span>Acoot</span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font size="2" face="Arial"> <div style="margin: 5px 0px; padding: 0px; border:
 1px solid rgb(204, 204, 204); height: 0px; line-height: 0; font-size: 0px;" class="hr" contentEditable="false" readonly="true"></div>  <b><span style="font-weight: bold;">From:</span></b> Mark Abraham &lt;Mark.Abraham@anu.edu.au&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">To:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br> <b><span style="font-weight: bold;">Sent:</span></b> Monday, 2 April 2012 10:22 AM<br> <b><span style="font-weight: bold;">Subject:</span></b> Re: [gmx-users] pdb2gmx error<br> </font> </div> <br><meta content="off" http-equiv="x-dns-prefetch-control"><div id="yiv2132764240">
  

    
  
  <div>
    On 2/04/2012 10:19 AM, Acoot Brett wrote:
    <blockquote type="cite">
      <div style="color: rgb(0, 0, 0); font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt; background-color: rgb(255, 255, 255);">
        <div>Dear All,</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>I just run a pdb2gmx of a protein, the error message is "</div>
        <div><font size="1"><font size="3">Fatal error:</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">Atom CG is used in an
              interaction of type atom in the topology</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">database, but an atom of that
              name was not found in residue</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="3">number 5."</font></div>
        <div>&nbsp;&nbsp; </div>
        <div>According to the sugestion I have tried to find the reason
          in "</div>
        <div><a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors" rel="nofollow" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a>"</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>But in that part of Document no this error was explained.</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>I am looking forward to getting an explaination from you.</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Like it says, look at residue 5 in your .gro and .rtp input files.
    They need to match well enough.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </div>

</div><meta content="on" http-equiv="x-dns-prefetch-control"><br>-- <br>gmx-users mailing list&nbsp; &nbsp; <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" ymailto="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br> </div> </div>  </div></body></html>