<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 1/04/2012 3:03 PM, Acoot Brett wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1333256590.42780.YahooMailNeo@web121802.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">
        <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
          serif; FONT-SIZE: 12pt">
          <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
            serif; FONT-SIZE: 12pt">Dear All,</div>
          <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
            serif; FONT-SIZE: 12pt" class="ms__id616">&nbsp;</div>
          <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
            serif; FONT-SIZE: 12pt" class="ms__id616">According to the
            lysozyme model in the tutorial of <strong style="RIGHT:
              auto">Justin Lemkul </strong>in <a
              moz-do-not-send="true"
href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin/gmx-tutorials/index.html</a>,
            I am runing a 2 chain protein complex MD, and the steps are
            exactly same as in that on-line tutorial&nbsp; except that I use
            the 2 chain protein rather than laysozyme. In the
            preparation steps, GROMACS produces 2 *.itp file,ne for
            chain A, one for chain B. But in the following steps, I find
            the 2 *.itp files have never been used by the following
            command. Thus sometimes I am suspicious for the following
            steps whether the MD was done only on Chain A or on both
            Chains.</div>
          <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
            serif; FONT-SIZE: 12pt" class="ms__id616">&nbsp;</div>
          <div style="FONT-FAMILY: times new roman, new york, times,
            serif; FONT-SIZE: 12pt" class="ms__id616">Will you please
            clarify why GROMACS produces the 2 *.itp files but never
            used them in the following MD steps? Have I done something
            wrong on my 2 chain protein MD?<var id="yui-ie-cursor"></var></div>
          <br>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    See manual 5.7.2 and <a
      href="http://www.gromacs.org/Documentation/Include_File_Mechanism">http://www.gromacs.org/Documentation/Include_File_Mechanism</a><br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>