<html>
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    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 2/04/2012 10:19 AM, Acoot Brett wrote:
    <blockquote
      cite="mid:1333325994.62863.YahooMailNeo@web121806.mail.ne1.yahoo.com"
      type="cite">
      <div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times
        new roman, new york, times, serif;font-size:12pt">
        <div>Dear All,</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>I just run a pdb2gmx of a protein, the error message is "</div>
        <div><font size="1"><font size="3">Fatal error:</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">Atom CG is used in an
              interaction of type atom in the topology</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">database, but an atom of that
              name was not found in residue</font></font></div>
        <div><font size="1"><font size="3">
            </font></font></div>
        <div><font size="3">number 5."</font></div>
        <div>&nbsp;&nbsp; </div>
        <div>According to the sugestion I have tried to find the reason
          in "</div>
        <div><a moz-do-not-send="true"
            href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a>"</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>But in that part of Document no this error was explained.</div>
        <div>&nbsp;</div>
        <div>I am looking forward to getting an explaination from you.</div>
        <br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Like it says, look at residue 5 in your .gro and .rtp input files.
    They need to match well enough.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>