Dear prof. van der Spoel,<br />I know.. Dr. Alex de Vries is supervising me for my colloquium. Unfortunately (for me), they are very busy and (mainly) I am doing four months stage at Perugia universityv (It) which means I can not personally ask...so I prefer to ask the list.<br />Thank you for your answer, even if the literature concerning virtual charges is not a lot, I will keep looking.<br />Best regards: R<br /><br /><span>On 02-04-12, <b class="name">David van der Spoel </b> &lt;spoel@xray.bmc.uu.se&gt; wrote:</span><blockquote cite="mid:4F79F11F.6020308@xray.bmc.uu.se" class="iwcQuote" style="border-left: 1px solid rgb(0, 0, 255); padding-left: 13px; margin-left: 0pt;" type="cite"><div class="mimepart text plain">On 2012-04-02 20:29, R.Perez Garcia wrote:<br />&gt;Dear GROMACS users,<br />&gt;I would like to place the charge more localized in the &quot;bonds region&quot;<br />&gt;and not exactly in the atoms.<br />&gt;Please let me know if you know there is a way to do this in GROMACS.<br />&gt;Thank you in advance, R<br />&gt;<br />&gt;<br />Yes, using virtual sites.<br />There's an expert group of gromacs users at the department of biophysical chemistry at your university, Marrink. You may want to talk to then.<br /><br />-- <br />David van der Spoel, Ph.D., Professor of Biology<br />Dept. of Cell &amp; Molec. Biol., Uppsala University.<br />Box 596, 75124 Uppsala, Sweden. Phone:        +46184714205.<br />spoel@xray.bmc.uu.se    <a href="http://folding.bmc.uu.se" target="l">http://folding.bmc.uu.se</a><br />-- <br />gmx-users mailing list    gmx-users@gromacs.org<br /><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="l">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br />Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br />Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br />Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="l">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br /></div></blockquote>