<html><head></head><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><br><div><div>2 apr 2012 kl. 16.02 skrev lina:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div>On Mon, Apr 2, 2012 at 5:27 PM, ankita oindrila &lt;<a href="mailto:oinanki@gmail.com">oinanki@gmail.com</a>&gt; wrote:<br><blockquote type="cite">We are trying to do simulation of lysozyme in water.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">step with problem : energy minimization.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">command given: [root@localhost gromacs-4.0.5]# grompp -f minim.mdp -c<br></blockquote><blockquote type="cite">1AKI_solv_ions.gro -p topol.top -o em.tpr<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; G&nbsp; R&nbsp; O&nbsp; M&nbsp; A&nbsp; C&nbsp; S&nbsp; (-:<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Getting the Right Output Means no Artefacts in Calculating Stuff<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; VERSION 4.0.5&nbsp; (-:<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Written by David van der Spoel, Erik Lindahl, Berk Hess, and others.<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 1991-2000, University of Groningen, The Netherlands.<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Copyright (c) 2001-2008, The GROMACS development team,<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; check out <a href="http://www.gromacs.org">http://www.gromacs.org</a> for more information.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; This program is free software; you can redistribute it and/or<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; modify it under the terms of the GNU General Public License<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; as published by the Free Software Foundation; either version 2<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; of the License, or (at your option) any later version.<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; :-)&nbsp; grompp&nbsp; (-:<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Filename&nbsp; Type&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Description<br></blockquote><blockquote type="cite">------------------------------------------------------------<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -f&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; minim.mdp&nbsp; Input, Opt!&nbsp; grompp input file with MD parameters<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;-po&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; mdout.mdp&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; grompp input file with MD parameters<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -c 1AKI_solv_ions.gro&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb<br></blockquote><blockquote type="cite">tpa<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -r&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;-rb&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; conf.gro&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Structure file: gro g96 pdb tpr tpb tpa<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -n&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; index.ndx&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Index file<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -p&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; topol.top&nbsp; Input&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Topology file<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;-pp&nbsp; processed.top&nbsp; Output, Opt. Topology file<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -o&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; em.tpr&nbsp; Output&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Run input file: tpr tpb tpa<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -t&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; traj.trr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Full precision trajectory: trr trj cpt<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp; -e&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; ener.edr&nbsp; Input, Opt.&nbsp; Energy file: edr ene<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Option&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Type&nbsp;&nbsp; Value&nbsp;&nbsp; Description<br></blockquote><blockquote type="cite">------------------------------------------------------<br></blockquote><blockquote type="cite">-[no]h&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Print help info and quit<br></blockquote><blockquote type="cite">-nice&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set the nicelevel<br></blockquote><blockquote type="cite">-[no]v&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Be loud and noisy<br></blockquote><blockquote type="cite">-time&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; real&nbsp;&nbsp; -1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Take frame at or first after this time.<br></blockquote><blockquote type="cite">-[no]rmvsbds bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Remove constant bonded interactions with virtual<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; sites<br></blockquote><blockquote type="cite">-maxwarn&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; int&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Number of allowed warnings during input<br></blockquote><blockquote type="cite">processing<br></blockquote><blockquote type="cite">-[no]zero&nbsp;&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; no&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Set parameters for bonded interactions without<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; defaults to zero instead of generating an error<br></blockquote><blockquote type="cite">-[no]renum&nbsp;&nbsp; bool&nbsp;&nbsp; yes&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Renumber atomtypes and minimize number of<br></blockquote><blockquote type="cite">&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; atomtypes<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Back Off! I just backed up mdout.mdp to ./#mdout.mdp.1#<br></blockquote><blockquote type="cite">checking input for internal consistency...<br></blockquote><blockquote type="cite">processing topology...<br></blockquote><blockquote type="cite">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffoplsaa.itp<br></blockquote><blockquote type="cite">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffoplsaanb.itp<br></blockquote><blockquote type="cite">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ffoplsaabon.itp<br></blockquote><blockquote type="cite">Generated 332520 of the 332520 non-bonded parameter combinations<br></blockquote><blockquote type="cite">Generating 1-4 interactions: fudge = 0.5<br></blockquote><blockquote type="cite">Generated 332520 of the 332520 1-4 parameter combinations<br></blockquote><blockquote type="cite">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/spce.itp<br></blockquote><blockquote type="cite">Opening library file /usr/local/gromacs/share/gromacs/top/ions.itp<br></blockquote><blockquote type="cite">Excluding 3 bonded neighbours molecule type 'Protein_A'<br></blockquote><blockquote type="cite">Excluding 2 bonded neighbours molecule type 'SOL'<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">-------------------------------------------------------<br></blockquote><blockquote type="cite">Program grompp, VERSION 4.0.5<br></blockquote><br>You use Version 4.0.5.<br><br>If I remember correctly, the earlier version has different pname.<br>(seems one is NA+, one is NA)<br><br>If I were you, I would update to latest version and try.<br></div></blockquote><div><br></div><div>Upgrading may be a good thing for many reasons. To see what are the names of ions, check ions.itp.</div><br><blockquote type="cite"><div><br><blockquote type="cite">Source code file: toppush.c, line: 1641<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">Fatal error:<br></blockquote><blockquote type="cite">No such moleculetype NA<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">what should we do????<br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite"><br></blockquote><blockquote type="cite">--<br></blockquote><blockquote type="cite">gmx-users mailing list &nbsp; &nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br></blockquote><blockquote type="cite">Please search the archive at<br></blockquote><blockquote type="cite"><a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br></blockquote><blockquote type="cite">Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br></blockquote><blockquote type="cite">www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br></blockquote><blockquote type="cite">Can't post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote>--<br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists<br></div></blockquote></div><br><div>
<span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-align: -webkit-auto; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><span class="Apple-style-span" style="border-collapse: separate; color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-style: normal; font-variant: normal; font-weight: normal; letter-spacing: normal; line-height: normal; orphans: 2; text-indent: 0px; text-transform: none; white-space: normal; widows: 2; word-spacing: 0px; -webkit-border-horizontal-spacing: 0px; -webkit-border-vertical-spacing: 0px; -webkit-text-decorations-in-effect: none; -webkit-text-size-adjust: auto; -webkit-text-stroke-width: 0px; font-size: medium; "><div style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div>-----------------------------------------------</div><div>Erik Marklund, PhD</div><div>Dept. of Cell and Molecular Biology, Uppsala University.</div><div>Husargatan 3, Box 596, &nbsp; &nbsp;75124 Uppsala, Sweden</div><div>phone: &nbsp; &nbsp;+46 18 471 6688 &nbsp; &nbsp; &nbsp; &nbsp;fax: +46 18 511 755</div><div><a href="mailto:erikm@xray.bmc.uu.se">erikm@xray.bmc.uu.se</a></div><div><a href="http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html">http://www2.icm.uu.se/molbio/elflab/index.html</a></div></div></span></div></span></span>
</div>
<br></body></html>