<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><SPAN>On 03/04/12, <B class=name>Andrew DeYoung </B>&lt;adeyoung@andrew.cmu.edu&gt; wrote:</SPAN>
<BLOCKQUOTE style="BORDER-LEFT: #00f 1px solid; PADDING-LEFT: 13px; MARGIN-LEFT: 0px" class=iwcQuote cite=mid:DDB5DA0FF8A4464DBE7656D15B629705@DELLXPS410 type="cite">Hi,<br /><br />Is it possible to compute the total electrostatic energy of an atom over<br />time?&nbsp; By "total," I mean including all of the terms (short range Coulomb,<br />1-4 Coulomb, and Ewald), not just the short range Coulomb and 1-4 Coulomb.<br /><br />This question is somewhat related to a question I asked last week (<br /><a href="http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2012-March/069745.html" target=l >http://lists.gromacs.org/pipermail/gmx-users/2012-March/069745.html</A> ), and<br />to which I received a great answer.&nbsp; But my specific question now is: is it<br />possible to calculate the Ewald term due to a particular atom?&nbsp; Or is it<br />impossible to decouple the Ewald calculation among individual atoms or or<br />sets of pairs of atoms? <br /><br />For example, I would like to determine the electrostatic energy between atom<br />455 and the "rest" of the system (i.e., all other atoms in the system).&nbsp; To<br />try this, I added an entry "a" to my .ndx file:<br /><br />[ a ]<br />455<br /><br />I then added a directive to my .mdp file:<br /><br />energygrps = a<br /><br />I then run grompp and mdrun, passing my .ndx file to grompp.&nbsp; (Note: in my<br />.mdp file, I specify that energies should be saved every timestep: nstenergy<br />= 1.)&nbsp; Then I run g_energy on the .edr file that resulted from mdrun.&nbsp; I am<br />given the following energy terms to extract: <br /><br />---<br />&nbsp; 1&nbsp; Bond&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; Angle&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp; Ryckaert-Bell.&nbsp;&nbsp; 4&nbsp; LJ-14<br /><br />&nbsp; 5&nbsp; Coulomb-14&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; LJ-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; Coulomb-(SR)&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8<br />Coul.-recip.&nbsp; <br />&nbsp; 9&nbsp; Potential&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; Kinetic-En.&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; Total-Energy&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12<br />Conserved-En. <br />&nbsp;13&nbsp; Temperature&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14&nbsp; Pressure&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; Constr.-rmsd&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16&nbsp; Vir-XX<br /><br />&nbsp;17&nbsp; Vir-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; Vir-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19&nbsp; Vir-YX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20&nbsp; Vir-YY<br /><br />&nbsp;21&nbsp; Vir-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; Vir-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; Vir-ZY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 24&nbsp; Vir-ZZ<br /><br />&nbsp;25&nbsp; Pres-XX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 26&nbsp; Pres-XY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 27&nbsp; Pres-XZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 28&nbsp; Pres-YX<br /><br />&nbsp;29&nbsp; Pres-YY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 30&nbsp; Pres-YZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 31&nbsp; Pres-ZX&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 32&nbsp; Pres-ZY<br /><br />&nbsp;33&nbsp; Pres-ZZ&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 34&nbsp; #Surf*SurfTen&nbsp;&nbsp; 35&nbsp; Mu-X&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 36&nbsp; Mu-Y<br /><br />&nbsp;37&nbsp; Mu-Z&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 38&nbsp; Coul-SR:a-a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 39&nbsp; LJ-SR:a-a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 40&nbsp; Coul-14:a-a<br /><br />&nbsp;41&nbsp; LJ-14:a-a&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 42&nbsp; Coul-SR:a-rest&nbsp; 43&nbsp; LJ-SR:a-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp; 44<br />Coul-14:a-rest<br />&nbsp;45&nbsp; LJ-14:a-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 46&nbsp; Coul-SR:rest-rest<br /><br />&nbsp;47&nbsp; LJ-SR:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 48&nbsp; Coul-14:rest-rest<br /><br />&nbsp;49&nbsp; LJ-14:rest-rest&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 50&nbsp; T-System<br />---<br /><br />Choices 42 and 44 are two parts of what I would like: short range Coulomb<br />and 1-4 Coulomb energy terms for a-rest.&nbsp; But is it possible to somehow also<br />calculate the Ewald term for a-rest?</BLOCKQUOTE>
<DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Not easily, and the value of it would be debatable even if you could compute it. Someone did post a several-step method a few years ago using mdrun -rerun and perhaps tpbconv -zeroq that achieved something like the decomposition of the reciprocal-space term&nbsp;you seem to be after.</DIV><DIV>&nbsp;</DIV><DIV>Mark&nbsp;</DIV>