Hello everyone,<br><br>I am new to gromacs and is trying to set up a protein simulation with anisotropic pressure coupling using Berendsen barostat. For isothermal compressibility, the user manual suggested the value as 4.6 x 10^-5 1/bar as it is the isothermal compressibility for water at 1 atm, 300K. So this means regardless of the system I need to consider only the isothermal compressibility of the solvent surrounding it, correct?<br clear="all">

I am not sure if I should use the same values for all xx, yy, zz, xy/yx, xz/zx and yz/zy components for both pressure and isothermal compressibility?<br>or should I set the off diagonal values to zero like below:<br>compressibility          = 4.6e-5  4.6e-5  4.6e-5  0 0 0<br>
ref_p                    = 1.0 1.0  1.0  0.0 0.0  0.0<br><br>Can some one explain the logic behind this?<br><br>thanks in advance,<br>Shyno<br><br>-- <br>Shyno Mathew<br>PhD student<br>Department of Chemical Engineering<br>
Columbia University<br><br>