Hi all,<br><br>I recently started molecular dynamics with gromacs performing protein-ligand simulations for my project first i worked out example from justin tutorials on protein ligand system and trying to apply to my protein and ligand.<br>
<br>First i generated topology for my protein using pdbgmx and then i used PRODRG tool ligand topology has been generated then i included ligand.itp file in topol.top file and pasted ligand.gro which is generated from PRODRG tool in protein.gro as suggested in tutorial but problem comes now<br>
while running editconf as follows warning bad box<br><br>editconf -f protein .gro -o box.gro -bt cubic -d 1.0<br><br><b>WARNING: Bad box in file protein.gro</b><br><br>Generated a cubic box    5.553 x    4.382 x    4.434<br>
Read 2053 atoms<br>Volume: 107.894 nm^3, corresponds to roughly 48500 electrons<br>No velocities found<br>    system size :  5.553  4.382  4.434 (nm)<br>    diameter    :  6.093               (nm)<br>    center      :  0.068 -0.079  0.153 (nm)<br>
    box vectors :  5.553  4.382  4.434 (nm)<br>    box angles  :  90.00  90.00  90.00 (degrees)<br>    box volume  : 107.89               (nm^3)<br>    shift       :  3.978  4.126  3.894 (nm)<br>new center      :  4.047  4.047  4.047 (nm)<br>
new box vectors :  8.093  8.093  8.093 (nm)<br>new box angles  :  90.00  90.00  90.00 (degrees)<br>new box volume  : 530.06               (nm^3)<br><br><br>Actually this problem is already been raised from some one else in gromacs discussion list i tried to use that solution but it is not helping me<br>
<br>Can any body tell me where i am going wrong..<br><br>Thanks in advance<br><br>Nitin<br><br><br><span><br></span><br><span></span><br>