Yes you are right, that we need to do multiple MD runs before making any conclusion based on single trajectory. But I have not found any single research paper which discuss about conclusions drawn based on ensemble of trajectories. If you have any such research article then please send me the link.<br>
<br><div class="gmail_quote">On Thu, Apr 5, 2012 at 23:50, Peter C. Lai <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex">
Well you&#39;re really supposed to conduct multiple runs anyway.<br>
Remember, a single MD run over a period of time only samples 1 possible<br>
trajectory out of the ensemble of possible trajectories...<br>
<br>
On 2012-04-05 11:38:20PM +0530, bipin singh wrote:<br>
&gt; Thanks for the reply.<br>
&gt; * *I read the link. So, how one can predict something reliable using these<br>
<div class="im">&gt; results(based on 50ns in my case) which changes on different machines?<br>
&gt; which depends more on the environment of the computer architecture and<br>
&gt; other variables of mdrun rather than system (Protein/DNA/RNA) itself for a<br>
&gt; short simulation, where we don&#39;t have enough resources to run infinitely<br>
&gt; long simulation.<br>
&gt; And also how to believe the statement made by several research papers based<br>
&gt; on unconverged simulations.<br>
&gt;<br>
&gt; On Thu, Apr 5, 2012 at 23:12, Justin A. Lemkul &lt;<a href="mailto:jalemkul@vt.edu">jalemkul@vt.edu</a>&gt; wrote:<br>
&gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; bipin singh wrote:<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt;&gt; Hi all,<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; I am really surprised to see different results from two identical md<br>
&gt; &gt;&gt; simulation. I have used identical tpr files for the mdrun (for 50ns) and<br>
&gt; &gt;&gt; after the completion of the md job I found that the results from the<br>
&gt; &gt;&gt; identical runs is totally different.<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; To further confirm this, I have converted both the input tpr to mdp using<br>
&gt; &gt;&gt; gmxdump and diff the two files and found that the mdp is identical.<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt; Please let me know what can be the reason of this behaviour. I know that<br>
&gt; &gt;&gt; it is unexpected and even I can&#39;t believe how can it be possible.<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt;&gt;<br>
&gt; &gt; It is not unexpected at all.  Please consult:<br>
&gt; &gt;<br>
</div>&gt; &gt; <a href="http://www.gromacs.org/**Documentation/Terminology/**Reproducibility" target="_blank">http://www.gromacs.org/**Documentation/Terminology/**Reproducibility</a>&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility" target="_blank">http://www.gromacs.org/Documentation/Terminology/Reproducibility</a>&gt;<br>

&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; -Justin<br>
&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; ==============================**==========<br>
<div class="im">&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; Justin A. Lemkul<br>
&gt; &gt; Ph.D. Candidate<br>
&gt; &gt; ICTAS Doctoral Scholar<br>
&gt; &gt; MILES-IGERT Trainee<br>
&gt; &gt; Department of Biochemistry<br>
&gt; &gt; Virginia Tech<br>
&gt; &gt; Blacksburg, VA<br>
&gt; &gt; jalemkul[at]<a href="http://vt.edu" target="_blank">vt.edu</a> | (540) 231-9080<br>
</div>&gt; &gt; <a href="http://www.bevanlab.biochem." target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.</a>**<a href="http://vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&lt;<a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a>&gt;<br>

&gt; &gt;<br>
&gt; &gt; ==============================**==========<br>
<div class="im">&gt; &gt; --<br>
&gt; &gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
</div>&gt; &gt; <a href="http://lists.gromacs.org/**mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/**mailman/listinfo/gmx-users</a>&lt;<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a>&gt;<br>

&gt; &gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/**" target="_blank">http://www.gromacs.org/**</a><br>
&gt; &gt; Support/Mailing_Lists/Search&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a>&gt;before posting!<br>
<div class="im">&gt; &gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www<br>
&gt; &gt; interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
</div>&gt; &gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/**Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/**Support/Mailing_Lists</a>&lt;<a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a>&gt;<br>

&gt; &gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt;<br>
&gt; --<br>
&gt; -----------------------<br>
&gt; *Regards,*<br>
&gt; Bipin Singh<br>
<div class="im"><br>
&gt; --<br>
&gt; gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
&gt; <a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
&gt; Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
&gt; Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
&gt; www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
&gt; Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
<br>
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--<br>
</div>==================================================================<br>
<span class="HOEnZb"><font color="#888888">Peter C. Lai                    | University of Alabama-Birmingham<br>
Programmer/Analyst              | KAUL 752A<br>
Genetics, Div. of Research      | 705 South 20th Street<br>
<a href="mailto:pcl@uab.edu">pcl@uab.edu</a>                     | Birmingham AL 35294-4461<br>
(205) 690-0808                  |<br>
==================================================================<br>
</font></span><div class="HOEnZb"><div class="h5"><br>
--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br>
</div></div></blockquote></div><br><br clear="all"><br>-- <br><span style="color:rgb(51,51,255)">-----------------------</span><br style="color:rgb(51,51,255)"><i><span style="color:rgb(51,51,255)">Thanks and Regards,</span></i><br style="color:rgb(51,51,255)">
<span style="color:rgb(51,51,255);font-family:garamond,serif">Bipin Singh</span><br><br>