
<html>

  <head>

    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

      http-equiv="Content-Type">

  </head>

  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">

    On 6/04/2012 9:05 PM, Mark Abraham wrote:

    <blockquote cite="mid:4F7ECDF4.8070902@anu.edu.au" type="cite">

      <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"

        http-equiv="Content-Type">

      On 6/04/2012 8:27 PM, rama david wrote:

      <blockquote

cite="mid:CAD=-SYFuGWY_Fh5XGwFmvFSSYnk4L=+Gpkp6rCV_Uie+E3POwg@mail.gmail.com"

        type="cite">Hi Gromacs Friends and Justin , <br>

        <br>

        Thank you for reply and suggestion.<br>

        <br>

        These is short part of my PDB . <br>

        <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 1H&nbsp;&nbsp; ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 0.000 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp; CH3 ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp; 1.090&nbsp;&nbsp; 0.000 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3 2H&nbsp;&nbsp; ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.028&nbsp;&nbsp; 1.453&nbsp; -0.000 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 4 3H&nbsp;&nbsp; ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.514&nbsp;&nbsp; 1.453&nbsp; -0.890 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 5&nbsp; C&nbsp;&nbsp; ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.721&nbsp;&nbsp; 1.600&nbsp;&nbsp; 1.249 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 6&nbsp; O&nbsp;&nbsp; ACE&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.839&nbsp;&nbsp; 2.806&nbsp;&nbsp; 1.453 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 7&nbsp; N&nbsp;&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.227&nbsp;&nbsp; 0.727&nbsp;&nbsp; 2.126 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 8&nbsp; CA&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.918&nbsp;&nbsp; 1.181&nbsp;&nbsp; 3.321 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 9&nbsp; HA&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.553&nbsp;&nbsp; 2.031&nbsp;&nbsp; 3.073 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 10&nbsp; C&nbsp;&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.928&nbsp;&nbsp; 1.587&nbsp;&nbsp; 4.404 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 11&nbsp; O&nbsp;&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.069&nbsp;&nbsp; 2.645&nbsp;&nbsp; 5.013 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 12&nbsp; CB&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.782&nbsp;&nbsp; 0.075&nbsp;&nbsp; 3.851 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 13 1HB&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.469&nbsp; -0.177&nbsp;&nbsp; 4.864 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 14 2HB&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.822&nbsp;&nbsp; 0.401&nbsp;&nbsp; 3.862 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 15&nbsp; CG&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.645&nbsp; -1.140&nbsp;&nbsp; 2.964 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 16 1HG&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.232&nbsp; -1.966&nbsp;&nbsp; 3.542 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 17 2HG&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -3.606&nbsp; -1.451&nbsp;&nbsp; 2.556 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 18&nbsp; CD&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -1.680&nbsp; -0.755&nbsp;&nbsp; 1.882 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 19 1HD&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -2.173&nbsp; -0.830&nbsp;&nbsp; 0.913 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 20 2HD&nbsp; PRO&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -0.816&nbsp; -1.419&nbsp;&nbsp; 1.895 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 21&nbsp; N&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.076&nbsp;&nbsp; 0.740&nbsp;&nbsp; 4.644 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 22&nbsp; H&nbsp;&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.135&nbsp; -0.114&nbsp;&nbsp; 4.109 <br>

        ATOM&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 23&nbsp; CA&nbsp; GLY&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 3&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1.083&nbsp;&nbsp; 1.012&nbsp;&nbsp; 5.650<br>

        <br>

        The gromacs96 53a6 .rtp file mention the following data...<br>

        <br>

        &nbsp;bondedtypes ]<br>

        ; bonds&nbsp; angles&nbsp; dihedrals&nbsp; impropers<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2<br>

        <br>

        [ ACE ]<br>

        &nbsp;[ atoms ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; CH3&nbsp;&nbsp; 0.000&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp; 0.450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp; -0.450&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br>

        &nbsp;[ bonds ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp; gb_27<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp; gb_5<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp; gb_19<br>

        &nbsp;[ angles ]<br>

        &nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_30&nbsp;&nbsp; <br>

        &nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_19<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp; ga_33<br>

        &nbsp;[ impropers ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; C&nbsp;&nbsp;&nbsp; CA&nbsp;&nbsp;&nbsp; +N&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; O&nbsp;&nbsp;&nbsp; gi_1 <br>

        <br>

        [ NH2 ]<br>

        &nbsp;[ atoms ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; NT&nbsp;&nbsp; -0.83&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp;&nbsp;&nbsp; H&nbsp;&nbsp; 0.415&nbsp;&nbsp;&nbsp; 0<br>

        &nbsp;[ bonds ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1&nbsp; gb_2<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp;&nbsp; H2&nbsp; gb_2&nbsp;&nbsp; <br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C&nbsp;&nbsp;&nbsp; N&nbsp;&nbsp; gb_9<br>

        &nbsp;[ angles ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -O -C N&nbsp; ga_33<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -CA -C N ga_19<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C N H1&nbsp; ga_23<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; -C N H2&nbsp; ga_23<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; H1 N H2&nbsp; ga_24<br>

        &nbsp;[ dihedrals ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; -CA -C N H1 gd_14<br>

        &nbsp;[ impropers ]<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp; -C -O N -CA gi_1<br>

        &nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; N H1 H2 -C gi_1 <br>

        &nbsp;<br>

        As per my pdb file N atom is the part of PROLINE , not the

        ACE...<br>

        I got the topology by using the Amber 03 FF.<br>

        But my priority&nbsp; is to the GROMOS96 53a6 force field ...<br>

        <br>

        Could any suggest me the way to tackle these problem???<br>

      </blockquote>

      <br>

      The default is to try to put termini on the protein chain. Your

      chain already has them, so you need to tell pdb2gmx not to try to

      add termini. See pdb2gmx -h.<br>

    </blockquote>

    <br>

    ... and if you'd also shown the last piece of your pdb2gmx output

    and given us the whole command line you used, then you'd have gotten

    your answer faster and wasted less of people's time guessing what

    the real problem was.<br>

    <br>

    Mark<br>

  </body>

</html>