hello sir ,<br><br>i got few basic doubts in dynamics..<br><br>while performing analysis, we are calculating rmsd and gyrate  for single molecule..<br><br>but in case of more molecules i.e by adding 20 molecules randomly using genbox , when we perform analysis, rmsd value we are obtaining is the average change in structure deviation from initial structure.<br>
<br>what about gyrate??<br><br>i am getting one plot... how to interpret the result for 20 moecules..since 20 molecules arranged randomly, how it calculates the gyrate value..<br><br>please help me with your answer..<br><br>
<br>