<html><body style="word-wrap: break-word; -webkit-nbsp-mode: space; -webkit-line-break: after-white-space; "><div><br></div>Where did you find the topology?<div><br><div><div>On Apr 10, 2012, at 10:44 AM, dina dusti wrote:</div><br class="Apple-interchange-newline"><blockquote type="cite"><div><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Dear GROMACS Specialists,</div><div><br></div><div>I have doubt about definition of tiofen ring in MARTINI CG force field. May I ask you to help me, Please?</div><div>I defined if as: SC4 and SC5, that SC5 is as S-C-C and SC4 is as C-C. Is it right?</div><div>Or should I change SC5 to C-S-C for .gro file?</div><div>And my definition of tiofen in .itp file it is as followed , Please say me that is it right?<br></div><div><br></div><div>;;;;;;&nbsp; TIOFEN<br><br>[moleculetype]<br>; molname&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; nrexcl<br>&nbsp; TIO &nbsp;&nbsp;&nbsp; &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1<br><br>[atoms]<br>; id&nbsp;&nbsp;&nbsp; type&nbsp;&nbsp;&nbsp; resnr&nbsp;&nbsp; residu&nbsp; atom&nbsp;&nbsp;&nbsp; cgnr&nbsp;&nbsp;&nbsp; charge<br>&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; SC4 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIO &nbsp;&nbsp;&nbsp; SI1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 <br>&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp; SC5 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; TIO &nbsp;&nbsp;&nbsp; SI2&nbsp;&nbsp;&nbsp; 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0 <br><br>[constraints]<br>; i j&nbsp;&nbsp; funct&nbsp;&nbsp; length<br>&nbsp; 1 2 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 1 &nbsp;&nbsp;&nbsp; 0.27</div><div><br></div><div>Because I for benzene see a triangle in ngmx program, but for this see a line. Please help me to correction of mistakes.</div><div>Thank you very much in advance.</div><div><br></div><div>Best Regards</div><div>Dina<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div></div>-- <br>gmx-users mailing list &nbsp;&nbsp;&nbsp;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>Please search the archive at http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search before posting!<br>Please don't post (un)subscribe requests to the list. Use the <br>www interface or send it to gmx-users-request@gromacs.org.<br>Can't post? Read http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</blockquote></div><br></div></body></html>