when i try to  <font size="3"><font face="Arial"></font></font><span style="background-color:rgb(255,255,102)">pdb2gmx -f *.pdb -o *_processed.gro -water spce</span> command in my pdb file then i select  <font size="3"><font face="Arial"></font></font><span style="background-color:rgb(255,255,51)">AMBER99SB-ILDN force field (Lindorff-Larsen et al., Proteins 78, 1950-58, 2010)</span> this force field but a error massage came.<br>
the massage is following:<br><br>There are 0 donors and 0 acceptors<br>There are 0 hydrogen bonds<br>Identified residue GLU6 as a starting terminus.<br>Identified residue GLU6 as a ending terminus.<br>8 out of 8 lines of specbond.dat converted successfully<br>
Start terminus GLU-6: NH3+<br>End terminus GLU-6: COO-<br>Checking for duplicate atoms....<br><br>-------------------------------------------------------<br>Program pdb2gmx, VERSION 4.5.4<br>Source code file: /build/buildd/gromacs-4.5.4/src/kernel/pgutil.c, line: 88<br>
<br>Fatal error:<br>Atom CG not found in residue <a href="http://seq.nr">seq.nr</a>. 1 while adding atom<br><br>For more information and tips for troubleshooting, please check the GROMACS<br>website at <a href="http://www.gromacs.org/Documentation/Errors">http://www.gromacs.org/Documentation/Errors</a><br>
-------<br> then i repair my protein with <span style="background-color:rgb(255,255,51)">what if</span> server as instruction given in gromacs documentation...then i again run the above process but still showing me a error massage.The massage was His 450 chain is not complete.How i overcome this problem..please give me a suggestion.<br>
<br>Thanking You.<br><br clear="all"><br>-- <br><span style="font-family:courier new,monospace;color:rgb(51,51,51)"></span><b style="font-family:courier new,monospace"><span style="color:rgb(102,51,0)"><br>BISHWAJIT DAS</span></b><i><span style="color:rgb(204,0,0)"></span></i><br>
  <font> <span style="font-family:verdana,sans-serif">KOLKATA</span></font><br style="font-family:verdana,sans-serif"><br>