<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=ISO-8859-1"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body bgcolor="#FFFFFF" text="#000000">
    On 11/04/2012 1:24 AM, Shi, Huilin wrote:
    <blockquote
cite="mid:42D28D226F776341A46B6265E4EC4C392AB52AB8@CH1PRD0102MB122.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=ISO-8859-1">
      <style id="owaParaStyle" type="text/css">P {margin-top:0;margin-bottom:0;}</style>
      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,
        0); font-size: 10pt;"><font size="3">Hi All,<br>
          <br>
          I have a question about periodic boundary conditions (pbc)
          when running a simulation to unfold a protein from its native
          structure.<br>
          <br>
          I set up pbc with the starting structure which is compact. <br>
          When defining the box we use editconf and set up the -d 1.0 as
          the distance from the protein to the box edge.
          <br>
          It is said that "</font><font face="Arial" size="3">a protein
          should never see its periodic image".
          <br>
          If during the simulation the protein starts unfolding, the
          minimum distance from the protein to the box edge will no
          longer be 1.0 nm.
          <br>
          And it is possible that the length of the protein is even
          longer than the box dimension and the protein may "see" its
          periodic image in the neighbored box.<br>
          Is this going to be a problem?<br>
        </font></div>
    </blockquote>
    <br>
    Yes, if you don't allow for it from the start. Some test simulations
    with implicit solvent are probably priceless here.<br>
    <br>
    <blockquote
cite="mid:42D28D226F776341A46B6265E4EC4C392AB52AB8@CH1PRD0102MB122.prod.exchangelabs.com"
      type="cite">
      <div style="direction: ltr; font-family: Tahoma; color: rgb(0, 0,
        0); font-size: 10pt;"><font face="Arial" size="3">
          I am also confused that it is also said that </font><font
          size="3">"(parts of) the molecule(s) diffuse out of the box is
          not a problem".<br>
          Is this conflicted with </font><font size="3">"</font><font
          face="Arial" size="3">a protein should never see its periodic
          image"?</font><br>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
    Sometimes - can depend on orientation of molecule wrt box.<br>
    <br>
    Mark<br>
  </body>
</html>