Hi!<br><div class="gmail_quote"><br>I try to perform pmf calculations for case where a peptide shifts through the membrane. My COM differences should vary from 2.3 to -2.5. <br><br>My problem is that g_wham plots negative COM difference as they would be positive.  In pullx-files the COM differences are treated correctly (look below). My peptide is not symmetric, so profile curves are not symmetric, so loosing the sign for COM difference screws my profile curve completely.<br>

<br>I did not manage to find any pre-existing answers to this problem from internet.<br><br>First datalines from pullx files:<br>(sorry for strange file names...)<br><br>pull_umbr_0.xvg:<br>0.0000  6.26031 2.27369<br><br>

pullz_umbr_23.xvg:<br>0.0000  6.09702 0.0233141<br><br>pullz_umbr_50.xvg:<br>0.0000  6.02097 -2.50088<br><br>g_wham command:<br>g_wham -b 5000 -it tpr_files.dat  -ix pullz_files.dat -o profile_test.xvg -hist histo_test.xvg  -unit kCal<br>

<br>My pull code: <br><br>pull            = umbrella<br>pull_geometry   = distance<br>pull_dim        = N N Y<br>pull_start      = yes<br>pull_ngroups    = 1<br>pull_group0     = POPC_POPS         ; reference group is bilayer<br>

pull_group1     = C-alpha_&amp;_r_92-94 ; group that is actually pulled<br>pull_init1      = 0<br>pull_rate1      = 0.0<br>pull_k1         = 1000     ; kJ mol^-1 nm^-2<br><br><br>I would appreciate help very much.<br><br clear="all">

-Anni<br clear="all"><br>-- <br>************************************************<br>Anni Kauko, Ph.D.<br>Post Doctoral Researcher<br><br>Structural Bioinformatics Laboratory<br>Dept. of Biosciences, Biochemistry<br>Åbo Akademi University<br>

20520 Turku, Finland<br>phone:  <a href="tel:%2B358%20%280%292%20215%204006" value="+35822154006" target="_blank">+358 (0)2 215 4006</a><br>mobile: <a href="tel:%2B358%20%280%2950-576%208656" value="+358505768656" target="_blank">+358 (0)50-576 8656</a><br>
<br>************************************************<br>
</div><br>