hello sir,<br><br>thanks for your kind reply..<br><br>in another folder i resubmitted my mdrun from starting time..<br><br>i reduced my time step..<br>i kept my time step = 0.001<br> <br><br>this is my md.mdp file<br><br>title        = Gromacs43a1 lipopeptide MD <br>
; Run parameters<br>integrator    = md        ; leap-frog integrator<br>nsteps        = 5000000    ; 1 * 5000000 = 5000 ps, 5 ns<br>dt        = 0.001    ; 1 fs<br>; Output control<br>nstxout        = 1000        ; save coordinates every 2 ps<br>
nstvout        = 1000        ; save velocities every 2 ps<br>nstxtcout    = 1000        ; xtc compressed trajectory output every 2 ps<br>nstenergy    = 1000        ; save energies every 2 ps<br>nstlog        = 1000        ; update log file every 2 ps<br>
; Bond parameters<br>continuation    = yes        ; Restarting after NPT <br>constraint_algorithm = lincs    ; holonomic constraints <br>constraints    = all-bonds    ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained<br>lincs_iter    = 1        ; accuracy of LINCS<br>
lincs_order    = 4        ; also related to accuracy<br>; Neighborsearching<br>ns_type        = grid        ; search neighboring grid cells<br>nstlist        = 5        ; 10 fs<br>rlist        = 1.4        ; short-range neighborlist cutoff (in nm)<br>
rcoulomb    = 1.4        ; short-range electrostatic cutoff (in nm)<br>rvdw        = 1.4        ; short-range van der Waals cutoff (in nm)<br>; Electrostatics<br>coulombtype    = PME        ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics<br>
pme_order    = 4        ; cubic interpolation<br>fourierspacing    = 0.16        ; grid spacing for FFT<br>; Temperature coupling is on<br>tcoupl        = <b>V-rescale</b>    ; modified Berendsen thermostat<br>tc-grps        = DRG   SOL    ; two coupling groups - more accurate<br>
tau_t        = 0.1    0.1    ; time constant, in ps<br>ref_t        = 300     300    ; reference temperature, one for each group, in K<br>; Pressure coupling is on<br>pcoupl        = Parrinello-Rahman    ; Pressure coupling on in NPT<br>
pcoupltype    = isotropic    ; uniform scaling of box vectors<br>tau_p        = 2.0        ; time constant, in ps<br>ref_p        = 1.0        ; reference pressure, in bar<br>compressibility = 4.5e-5    ; isothermal compressibility of water, bar^-1<br>
; Periodic boundary conditions<br>pbc        = xyz        ; 3-D PBC<br>; Dispersion correction<br>DispCorr    = EnerPres    ; account for cut-off vdW scheme<br>; Velocity generation<br>gen_vel        = no        ; Velocity generation is off <br>
<br><br>i resubmitted my mdrun and my run completed i analysed my output file..<br><br>now it completed at 1.286ns out of 5ns..<br><br>in log file it didnt give any information about this error..<br><br>in error file its showing segmentation fault..<br>
<br><br>how to solve this prolem..<br><br>is it only because of some problem in my system??<br><br>thanking you.<br><br>