Thank you mark.<br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Apr 11, 2012 at 8:09 AM, Mark Abraham <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;</span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<div class="im">On 11/04/2012 3:33 AM, ramesh cheerla wrote:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
Dear gromacs users,<br>
<br>
                               For one of my residues i have two types of dihedral functions,  i.e  C-C dihedrals  are in periodic type and C-O  dihedrals are in the Ryckaert-bellemans type, now i want to generate the topology file for this  residue is it possible to use the two dihedral function types for this residue. I  have tried by using two different dihedraltypes  directives one is for the periodic type and another one is for Ryckaert-Bellemans function, but how can i incorporate the two functional types in the dihedrals section of the  bondedtypes directive in aminoacids.rtp.<br>

</blockquote>
<br></div>
You can&#39;t. That is a limitation of pdb2gmx.<div class="im"><br>
<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0pt 0pt 0pt 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
<br>
or is there any methods in gromacs to convert one dihedral functional form to the other.<br>
</blockquote>
<br></div>
Basic trig will let you express a periodic dihedral of sufficiently small periodicity in R-B form. However that&#39;s only a reasonable solution with pdb2gmx if the force field uses only R-B dihedrals.<br>
<br>
It may be more effective to use pdb2gmx and to replace the inappropriate dihedral form in the .top file by hand afterwards.<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br>
<br>
Mark<br>
-- <br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/<u></u>mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/<u></u>Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
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</font></span></blockquote></div><br>