Hello, <br><br>I have a very peculiar problem: I have a micro cluster with three nodes (18 cores total); the nodes are clones of each other and connected to a frontend via Ethernet. I am using Debian squeeze as the OS for all nodes. <br>

<br>I have compiled a GROMACS v.4.5.5 environment with FFTW v.3.3.1 and OpenMPI v.1.4.2 (OpenMPI version that is standard for Debian). On the nodes, individually, I can do simulations of any size and complexity; however, as soon as I want to do a parallel job the whole thing crashes. <br>

Since my own simulations can be non-ideal for a parallel situation I have used the gmxbench d.dppc files, this is the result I get: <br><br>For a simple parallel job I use: path/mpirun –hostfile path/machinefile –np XX path/mdrun_mpi –p tcp –s path/topol.tpr –o path/output.trr <br>

For –np XX being smaller than or 10 it works, however as soon as I make use of 11 or larger the whole thing crashes and I get: <br>[host:xxxx] Signal: Bus error (7) <br><div>[host:xxxx] Signal code: Non-existant physical address (2) <br>

</div><div>[host]xxxx] Lots of lines with libmpi.so.0</div><br>I have tried using different versions of OpenMPI, v.1.4.5 and all the way to beta v.1.5.5, they all behave exactly the same. This is making no sense. <br><br>

<div>When I use threads over the OpenMPI interface I can get all cores engaged and the simulation works until 5-7 minutes in then it gives an error “Cannot rename checkpoint file; maybe you are out of quota?” even though I have more than 500gb left on each node.<br>

</div><div><br></div><div>I hope somebody can help me figure out what is wrong and maybe a possible solution.</div><div><br></div><div>regards,</div><div>Mohtadin</div>