Dear gromacs users,<br>I am having some difficulty in setting up an NPT simulation, following are the issues<br><br>1. With Parinello-Rahman coupling, I am getting the error: <br>Fatal error:<br>The X-size of the box (4.224258) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (5) times the smallest allowed cell size (0.844801)<br>
As mentioned in the archives, initially I thought my system is too small to split between different processors. When I load the trajectory I can see that the box is shrinking very fast in the x direction.<br> I have performed the same run with Berendsen thermostat and it ran fine. So changing the pcoupling method can cause such a change?<br>
With the berendsen p coupling I have done a benchmark for the system and I am using the optimum number of processors. Will the change in pcoupling affects benchmark as well?<br><br>some parameters in .mdp file:<br><br>integrator               = sd<br clear="all">
pbc                      = xyz<br>rlist                    = 1.2<br>coulombtype              = PME<br>fourierspacing           = 0.12<br>pme_order                = 4<br>ewald_rtol               = 1e-05<br>optimize_fft             = no<br>
epsilon_surface          = 0<br>ewald_geometry           = 3d<br>rcoulomb                 = 1.2<br>vdwtype                  = Shift<br>rvdw_switch              = 0.9<br>rvdw                     = 1.0<br>epsilon_r                = 1<br>
DispCorr                 = EnerPres<br>tc-grps                  = system<br>tau_t                    = 2.0<br>ref_t                    = 310<br>pcoupl                   = Parrinello-Rahman<br>pcoupltype               = anisotropic<br>
nstpcouple               = -1<br>tau_p                    = 1.0<br><br>2. I changed some of the above mentioned parameters, for example vdwtype to cut-off and DispCorr to energy as shown below:<br><br>rlist                    = 1.0<br>
rcoulomb                 = 1.0<br>vdwtype                  = Cut-off<br>rvdw                     = 1.0<br>epsilon_r                = 1<br>DispCorr                 = Ener<br><br>Again I get the same error:<br>Fatal error:<br>
The X-size of the box (5.000070) times the triclinic skew factor (1.000000) is smaller than the number of DD cells (5) times the smallest allowed cell size (1.000000)<br><br>Also I thought for obtaining more accurate trajectory, I should apply dispersion corrections for both pressure and energy, is this true?<br>
<br>3. In the mailing list I found that tau_p has to be greater than tau_t to avoid larger fluctuations  and so changed the parameters as shown below, everything remains same as in question2 except the following:<br><br>tau_t                    = 2.0<br>
ref_t                    = 310<br>tau_p                    = 3.0<br><br><br>Fatal error:<br>One of the box vectors has become shorter than twice the cut-off length or box_yy-|box_zy| or box_zz has become smaller than the cut-off.<br>
<br>Any help will be appreciated,<br><br>thanks<br><br>-- <br>Shyno Mathew<br>PhD student<br>Department of Chemical Engineering<br>Columbia University<br><br>