<div>Hello everybody, I have used pull code to separate two molecules in water.</div><div>The idea is to generate initial configurations for umbrella sampling.</div><div>Initially I tried to use pull_geometry=distance. I noticed that the vector connecting </div>
<div>the two molecules are not remained on the main axis of the box (z). Then I realized </div><div>that using pull_geometry=direction (with pull_vec1= 0 0 1) I could keep this distance </div><div>on the z axis. However, the result of the pulling was exactly the same as with </div>
<div>pull_geometry=distance, ie, as the molecule moves away from the reference molecule the </div><div>distance of separation does not remain on the z axis, as I wish.</div><div><br></div><div>The protocol used was as follows:</div>
<div>pull                     = umbrella</div><div>pull_geometry            = direction</div><div>pull_dim                 = N N Y</div><div>pull_ngroups             = 1</div><div>pull_group0              = mol_0</div><div>
pull_weights0            = </div><div>pull_pbcatom0            = 0</div><div>pull_group1              = mol_1</div><div>pull_weights1            = </div><div>pull_pbcatom1            = 0</div><div>pull_vec1                = 0.0 0.0 1.0</div>
<div>pull_init1               = 0.0</div><div>pull_rate1               = 0.01</div><div>pull_k1                  = 1000</div><div><br></div><div>Someone could direct me to where I am wrong?</div><div>Bests</div><div>eef</div>
<div>_______________________________________<br>Eudes Eterno Fileti<br><div style="border-collapse:separate;font-family:arial"><span style="font-family:arial,sans-serif;font-size:13px;border-collapse:collapse">Instituto de Ciência e Tecnologia da UNIFESP<br>
Rua Talim, 330, São José dos Campos - SP <br>Tel.: </span>(12) 3309-9573</div><div>Página: <a href="http://sites.google.com/site/fileti/" target="_blank">sites.google.com/site/fileti/</a></div></div><br>