hello sir, <br><br>Thanks for your kind reply..<br><br>i am performing final md run for 60molecules ..<br><br>after i submitted my job for 5ns, when i analyse the result my run is completed only for 314ps initially.. then i extende my simulation.. but again it completed only for 500ps.. initially i thought because of queue limit its getting stopped.. but 3rd time i extended my simulation it came for 538ps..<br>
<br>when i analysed my log file it just showing like this<br><br><br>DD  step 268999 load imb.: force  1.5%<br><br>           Step           Time         Lambda<br>         269000      538.00000        0.00000<br><br>   Energies (kJ/mol)<br>
       G96Angle    Proper Dih.  Improper Dih.          LJ-14     Coulomb-14<br>    9.84673e+03    5.10424e+03    1.80376e+03    2.90591e+03   -2.97052e+03<br>        LJ (SR)  Disper. corr.   Coulomb (SR)   Coul. recip.      Potential<br>
    9.69125e+04   -1.59583e+03   -7.80231e+05   -3.04364e+04   -6.98661e+05<br>    Kinetic En.   Total Energy    Temperature Pres. DC (bar) Pressure (bar)<br>    1.17775e+05   -5.80886e+05    2.97568e+02   -1.04033e+02    2.31825e+01<br>
   Constr. rmsd<br>    2.24598e-05<br><br><br><br>when i checked my errorfile i got this is because of segmentation fault..<br><br>my errorfile showed like this<br><br>Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>
Wrote pdb files with previous and current coordinates<br>/var/spool/PBS/mom_priv/jobs/<a href="http://244266.vega.SC">244266.vega.SC</a>: line 11: 26308 Segmentation fault      mdrun -s md.tpr -o md3.trr -c md3.pdb -e md3.edr -g md3.log -cpi state2.cpt -cpo state3.cpt -x traj3.xtc -noappend<br>
<br><br>i searched in archieves but i didnt get the point clearly... <br><br>can anyone please help me by explaining that reason for my problem and solve it.<br><br>i am waiting for your reply..<br><br>pls help me with your valuable answer..<br>
<br>i am using gromacs 4.5.5 version.<br><br>thanking you,<br><br><br>