<html><body><div style="color:#000; background-color:#fff; font-family:times new roman, new york, times, serif;font-size:12pt"><div>Hi Justin</div><div><br></div><div>What is a box vector? I read that the CHARMM force field that I am using has a cut-off of 1 (is this Angstrom or nano-meters?). So should I use a box size of 3 nano-meters? <br><span></span></div><div><br></div><div>Greetings</div><div>Lara</div><div><br><span></span></div><div><span></span></div><div><br></div>  <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div style="font-family: times new roman, new york, times, serif; font-size: 12pt;"> <div dir="ltr"> <font face="Arial" size="2"> <hr size="1">  <b><span style="font-weight:bold;">Von:</span></b> Justin A. Lemkul &lt;jalemkul@vt.edu&gt;<br> <b><span style="font-weight: bold;">An:</span></b> Lara Bunte &lt;lara.bunte@yahoo.de&gt;; Discussion list for GROMACS users &lt;gmx-users@gromacs.org&gt; <br>
 <b><span style="font-weight: bold;">Gesendet:</span></b> 17:28 Donnerstag, 22.März 2012<br> <b><span style="font-weight: bold;">Betreff:</span></b> Re: [gmx-users] Box Size in MD<br> </font> </div> <br><br><br>Lara Bunte wrote:<br>&gt; Hello<br>&gt; <br>&gt; What size should a box have in that you do your MD? I always read that for<br>&gt; short Lennard Jones interactions one should do a cut off with the half of the<br>&gt; box size but what how to know a good box size?<br>&gt; <br><br>This is not correct.&nbsp; The cutoffs are dictated by the force field you've chosen to use.&nbsp; There are predefined values that should (for the most part) be adhered to.&nbsp; What you need to make sure of when setting up the box is that the longest cutoff cannot exceed half the shortest box vector.&nbsp; If it does, you get duplicate force evaluations from a violation of the minimum image convention. Use of an NPT ensemble will cause the box dimensions to fluctuate
 (due to pressure) and thus it is unwise in such cases to ever have a box that is only twice the size of the longest cutoff, as violations are almost certain to occur.<br><br>-Justin<br><br>-- ========================================<br><br>Justin A. Lemkul<br>Ph.D. Candidate<br>ICTAS Doctoral Scholar<br>MILES-IGERT Trainee<br>Department of Biochemistry<br>Virginia Tech<br>Blacksburg, VA<br>jalemkul[at]vt.edu | (540) 231-9080<br><a href="http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin" target="_blank">http://www.bevanlab.biochem.vt.edu/Pages/Personal/justin</a><br><br>========================================<br><br><br> </div> </div>  </div></body></html>