Hi Lara,<div>the simplest way is using vmd.</div><div>Briefly, </div><div>1) load the pdb file in vmd. </div><div>2) create a representation using a string like:  &quot;same residue as within 3. of protein&quot;.   </div><div>
    where &quot;protein&quot; is the group around the molecule you have to use, I used protein just as example</div><div><br></div><div><br></div><div><br><br><div class="gmail_quote">Il giorno 13 aprile 2012 11:29, Lara Bunte <span dir="ltr">&lt;<a href="mailto:lara.bunte@yahoo.de">lara.bunte@yahoo.de</a>&gt;</span> ha scritto:<br>
<blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-size:12pt;font-family:times new roman,new york,times,serif"><div>I read g_select -select &#39;help all&#39; and I understand nothing of that. <br>
</div><div><br></div><div>In general one have a molecule (valences closed by hydrogen) and a water box around it. How to select only the protein with the first water layers, say one layer? </div><div><br></div><div>Please give me an example how to do this with gromacs. I read the examples in g_select -select &#39;help all&#39; and I have no Idea what they are talking about. <br>
</div><div class="im"><div><br></div><div>Thanks for help</div><div>Greetings</div><div>Lara</div><div><br></div><div><br></div><span></span><div><span></span></div><div><br></div>  </div><div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt">
 <div style="font-family:times new roman,new york,times,serif;font-size:12pt"> <div dir="ltr"> <font face="Arial"> <hr size="1"><div class="im">  <b><span style="font-weight:bold">Von:</span></b> Mark Abraham &lt;<a href="mailto:Mark.Abraham@anu.edu.au" target="_blank">Mark.Abraham@anu.edu.au</a>&gt;<br>
 <b><span style="font-weight:bold">An:</span></b> Discussion list for GROMACS users &lt;<a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a>&gt; <br> </div><b><span style="font-weight:bold">Gesendet:</span></b> 19:26 Mittwoch, 11.April 2012<div class="im">
<br> <b><span style="font-weight:bold">Betreff:</span></b> Re: [gmx-users] File editing - only one layer of water around a molecule<br> </div></font> </div><div><div class="h5"> <br>On 12/04/2012 3:24 AM, Justin A. Lemkul wrote:<br>
&gt; <br>&gt; <br>&gt; Lara Bunte wrote:<br>&gt;&gt; Could you please give how g_select is used?<br><br>Reading g_select -h might have led you to try g_select -select &#39;help&#39;<br><br>&gt;&gt; Is there a tutorial for that?<br>
&gt;&gt; <br>&gt; <br>&gt; g_select -select &#39;help all&#39;<br>&gt; <br>&gt; The information contained therein is very extensive, so be sure to read it thoroughly.  It will fill several terminal windows explaining the
 syntax and providing examples.<br><br>... and search Google for some examples.<br><br>Mark<br>-- gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org" target="_blank">gmx-users@gromacs.org</a><br><a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org" target="_blank">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br><br><br> </div></div></div> </div>  </div></div><br>--<br>
gmx-users mailing list    <a href="mailto:gmx-users@gromacs.org">gmx-users@gromacs.org</a><br>
<a href="http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users" target="_blank">http://lists.gromacs.org/mailman/listinfo/gmx-users</a><br>
Please search the archive at <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists/Search</a> before posting!<br>
Please don&#39;t post (un)subscribe requests to the list. Use the<br>
www interface or send it to <a href="mailto:gmx-users-request@gromacs.org">gmx-users-request@gromacs.org</a>.<br>
Can&#39;t post? Read <a href="http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists" target="_blank">http://www.gromacs.org/Support/Mailing_Lists</a><br></blockquote></div><br><br clear="all"><div><br></div>-- <br>Cordiali saluti, Dr.Oteri Francesco<br>

</div>